当然，一个制度的出台，并不可能没有任何消极的影响。首先，为了和住院医师规培制度接轨，教育部从2015年起停止临床医学7年制的招生，代之以5年医学本科加3 年与规培并轨的专业型医学研究生教育（“5+3模式”）。从2015年起专业型医学硕士研究生和规培并轨进入规培基地，即专业型医学硕士研究生在3年期满毕业后可以拿到学位、学历、执业医师和国家级住培证书（“四证合一”）。而这种偏向实务临床型的、在培养时间上更加快速、成本相对较低的专业型硕士研究生可以预计将会对传统的科研学术型硕士研究生教育带来冲击，亦可能对医院规培具体实施造成一定影响。从今年教育部公布的医学类研究生教育招录情况和相关数据而言，今年大部分考上研究生的医学院校毕业生选择了进入和规培并轨的专业型医学研究生项目，而传统的科学型硕士则受到一定程度的冷落，这是今后需要关注的现象。其次，在转轨改革过程中，如何协调后“新”与“旧”关系极为重要。由于“四证合一”的专业型硕士研究生从2015年开始，因此亦涉及到了过去的同类型研究生如何处理的问题，在一定时期内，专业型硕士内部亦会出现传统专硕和“四证合一”型专硕并存的状况，而今年4月的“南中医2014级硕士规培联名请愿书”事件则是典型的“新”“旧”关系案例。再次，一个已经呈现的问题就是以后各个学校如何确定专业学位和科学学位的招生数和比例等，由于2015 年全国只有5万多的国家规培招收名额，而每年的医学院校毕业生会多于规培名额，则如何各个公平公正地招录规培学员以及如何安置没有获得规培的5年制医学生呢？这都是深化医疗制度改革和住院医师规范化培训制度改革过程中需要提出解决方案的问题。
总之，通过住院医师规范化培训制度，能够通过制度方式实现对由于不同区域经济社会差异导致的医疗教育和服务水平差异的缩小，实现医疗服务的标准化和水平基本均等化。另一方面，通过住院医师规范化培训，其背后的一个隐形作用则在于通过3年乃至更长时间的培训，减少由医学生供过于求带来的就业压力，为医学服务行业和医师行业的优劣淘汰提供空间，亦为医疗制度的深化改革提供更多空间和可能。
