面对这种制度上构建过多过快导致的失序状况，国家往往在一批政策出台之后，跟进推出新的改革档。2009年国务院在《中共中央、国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》中提出要“建立住院医师规范化培训制度”，同年原卫生部和发改委等六部门印发《关于加强卫生人才队伍建设的意见》，明确了院校医学教育、毕业后医学教育和继续医学教育三个阶段，分别有不同的目标和任务，由此我国的住院医师规范化培训进入了深化尝试的时期。另外，在第二年（2010年）卫生部等部委联合发布《关于印发的通知》开始推进全科医生培训制度的建设以及其与狭义上的住院医师规范化培训制度的衔接。紧接其后，国务院在2011年颁布了《国务院关于建立全科医生制度的指导意见》，提出到2012年使每个城市社区卫生服务机构和农村乡镇卫生院都有合格的全科医生。
在这种深化改革的背景下，各地省市地区开始在中央授权的情况下进行区域内的医师规范化培训制度改革尝试。如上海市坚持“政府主导”的运行原则，从2010开始将全科医师培训纳入全市住院医师规范化培训计划统筹考虑，将全科医学作为住院医师规范化培训的27个培训学科之一，并且严格规定未经培训的人员不得从事全科岗位工作，参加培训的本科学历人员有望获得临床医学硕士专业学位。而全科医师培训的招录、人事管理、工资福利待遇、培训和考核方式等均与住院医师规范化培训的其他学科相一致，同时在政策和投入上扶持和倾斜向全科医师方向的规范化培训，另外对住院医师规范化培训实现由过去的单位人（受训人已经有工作单位并且有工作单位选送规培）和社会人（在接受规培时候没有与任何单位建立劳动关系）等多种来源混合到全面统一接受“社会人”转变，实现了将全科医师规培纳入住院医师规范化培训系列中。另外，为了实现住院医师规范化培训和临床医学教育的衔接，2011年上海市出台《上海市住院医师规范化培训与临床医学硕士专业学位教育衔接改革实施办法》，尝试在专业型方向上全面实现住院医师规范化培训与临床医学硕士专业学位教育衔接。即住院医师招录和专业学位硕士研究生招生相结合，住院医师规范化培训和专业学位硕士研究生培养相结合，临床医师准入标准与专业学位授予标准相结合，参加该项目的培训对象具有硕士研究生和住院医师的双重身份，接高校和培训医院的双重管理，并且开始尝试引入专业型医学研究生，实现毕业时候“四证合一”（学位、学历、执业医师和国家级住培证书）。
在这种实践积累下，2013年12月31日，国家卫生计生委等七部门联合出台了《关于建立规培制度的指导意见》（以下简称《意见》），要求到2015年，各省须全面启动规培工作；到2020年，基本建立规培制度，所有新进医疗岗位的本科及以上学历临床医师全部接受规培。2014年2月建立国家住院医师规范化培训制度工作会议在上海召开，标志着我国住院医师规范化培训制度建设再次启动。此次的住院医师规范化培训制度改革，住院医师规范化培训制度终于上升到国家制度的层面。而今年（2015）年初，以标准化为诉求的住院医师规培在全国范围内推行。这意味着今后医学专业学生毕业后必须在以三甲医院为主的培训基地先接受为期3年的规范化培训，考核通过后才能行医。以“5+3+X”（5年本科教育，3年住院医师规范化培训，X年专科医师规范化培训）为代表的美国式医学教育模式将有望终结过去由于医学教育存在大专、本科、硕士生、博士生等多学制并存的复杂混乱状态。这对于我国的医疗教育和医疗事业发展而言是具有重要意义的里程碑式的事件。
