生存斗争。1860年6月，英国自然科学协会在牛津召开会议。根据流传的说法，牛津主教威尔伯福斯在会上大肆嘲弄进化论，说他愿意知道，“究竟是从祖父这一边，还是从祖母这一边，对方宣称自己是猴子的后代”。但他马上遭到赫胥黎的痛斥，辩论结果证明威尔伯福斯只是一个无知而又傲慢的牧师。之后，到19世纪末，神职人员就倾向于被描绘为科学的敌人。宗教和科学关系的冲突模式，更加广泛的被社会接受，人们常常以贬损和蔑视的方式描述宗教及其代表人物。
这段历史的影响虽延续至今，但关于科学与宗教互动关系的研究也在不断展开。在严谨的历史考证面前，认为19－20世纪科学与宗教的关系只是冲突或战争的模式的观点完全站不住脚。大量的历史资料说明，在现代科学的兴起时，科学与宗教关系中的一些因素存在错综复杂的互动作用。
宗教和科学一样不只具有单一的含义，而是类似维特根斯坦所称的“族类相似概念”。不同种类的宗教以及其方方面面松散地形成了一簇特征、没有一个宗教拥有全部的特征，但每一个宗教都有其中的一些特征。例如基督教包含了对至上存在的崇拜，而佛教则没有；但它们在另一方面都具有相似之处，因为两者都对实在、最高的善做了综合性的解释，并且提供了获得最高善的方法。
就宗教和科学的关系而言，不同的宗教，同一宗教内的不同教派和人物，在不同历史时期和地区，会有不同的模式出现。整体而言，宗教有古老的历史，继承了先民们的文化遗产，成为一种传统文化，自然具有保守性。在古代和中世纪，宗教对当时的科技是利用的多，反对的少。近代以后的西欧，基督教会通常被视为传统的监护人，与激进的新观念总是处于对立的地位。这并不一定是基督教神学的必然结果，但却好是反映了西欧中世纪时期基督教会扮演的社会角色。
然而，传统宗教的守旧性并不局限于基督教和西欧。有学者认为，绝大部分科学理论的发生都是对一个地区的统治文化所带来的限制的反叛。所以，科学就是一个颠覆性的活动，这几乎可以视为一种定义。对于阿拉伯数学家和天文学家欧麦尔·哈亚姆来说，科学是对伊斯兰教造成的智力约束的反叛；对于19世纪日本的科学家们来说，科学是对他们文化中根深蒂固的封建主义的反叛。在西欧，科学的进步不可避免的要与当时的文化传统发生冲突，现代科学必须突破希腊哲学和科学的框架才能进步。所以，科学与传统文化的紧张状态，就经常被视为科学与基督教之间的对抗。
大约从17世纪起，先前普遍的宗教观念一步步地被同样普遍的自然主义观念所取代。至20世纪，日心说、天体力学、进化论等新理论几乎完全取代了旧观念。自然主义创造了我们的文化现实。首先，这得益于科学的两个假设：一是科学能够极其详尽地描述物质宇宙，在任何一点上都无需寻求神的力量。一是由于人类的邪恶和自然灾难而始终存在痛苦和苦难的现实。这两点为自然主义假设提供了强有力的支持，至少当它针对一个拟人的上帝概念时，自然主义有了令人信服的力量。其次、也是更重要的，科学技术有了突飞猛进的成功，彻底地改变了人们的生活，也改变了大多数人的思想。科学逐步揭示了物质世界是如何运作的，并在许多领域转化为技术，为人类谋求福利。这一变化如此有效而实际的深入日常生活，以致一般人不再去理解它，而是通过它去理解其他一切事物。在这样的现实面前，宗教从包罗万象退守信仰领域，将认知世界留给科学并对其精确表述加以赞许。
对于这种解释必须面对科学史的一个重大问题。这就是1922年冯友兰先生在国外发表的一篇著名文章所提出的：为什么中国没有科学：解释中国哲学的历史和结果。他说：
“我们可以问：欧洲为何能将其注意力由天转向地，而中国在那个时候未能由内面转向外面？我回答……我认为斯多亚派是欧洲思想中的‘自然’的脉络，而在基督教之兴起之前，斯多亚派教训人们如何侍奉内在于人的神。但是，后来的基督教教导人们如何侍奉外在的神。人不再是一个自满自足的存在者，而是一个罪人。因此，欧洲的精神界多在证明上帝的存在方面下了功夫。哲学家们通过亚里士多德的逻辑与对自然界的研究而证明上帝。按照大部分的经院哲学家来看，哲学和科学的作用是解释《圣经》的内容。现代欧洲继承了这种对外界的知识与检验精神，它只替换了‘上帝’为‘自然’，替换了‘创世论’为‘机械论’罢了。历史是连续的，在中世纪的欧洲与现代的欧洲之间没有清楚的分界线”。冯友兰说的是，外在超越的宗教信仰，使欧洲人的注意力由内面转向外面，使人们成为“证明者”和“检验者”。现代科学的基本精神与西欧中世纪对外在世界的兴趣及其学术方法是一贯的。
用现代科学史的话来说，现代科学勿庸置疑是欧洲文化的产物。尽管文化古国如希腊、印度、中国等都曾经出现科学的曙光，但只有宗教改革后的欧洲成为17世纪现代科学崛起的摇篮，以至于今日几乎所有的科技文明都与这段历史与文化有关。欧洲文化在现代科技文明史的独特地位令历史学家深感惊讶与困惑。这清楚地说明，17世纪现代科学的崛起并不是历史自然发展的结果。换言之，现代科学必须在某种特殊的文化土壤中才能生成茂盛。这种特殊文化土壤的必要元素之一就是宇宙秩序的存在，以及这种秩序的合理性与可知性。
由此有人认为，现代科学知识必须奠基于一些确定的知识论假设上。比如宇宙万物不是神灵的化身或居所，其运行稳定有序，内含的规律合理且可以认知。内在的结构可以与数学方程式相对应等。这些科学知识论的假设多属于超越科学方法和实证的形而上学范畴，是其自身所不具备的，而基督教的宇宙观却正好预设了现代科学知识所必需的概念框架。在《圣经》的创世观中，宇宙不是受人们膜拜的神灵，既非永恒，也非神圣，而是由上帝创造，稳定有序。偶发且有序的宇宙表明，科学的知识必须是后验的。只有经过观察、实验以及推论或理性分析，人们才能逐步地真正认识宇宙。《圣经》的创世观因而推动了以实验为基础的现代科学。而在中国，虽然曾经有过辉煌的科技成就，也有过数千年的太平盛世，但是其历史上却没有出现哥白尼、伽利略、牛顿一类的科学家，也没能造就西欧那样的现代科学的基础。中国科学技术史的专家李约瑟的看法与冯友兰的观点大致相同，认为是中国的宗教观所使然。类似的宗教观亦可见于其他古代文明，以至于与其哲学、文艺相比，这些古代文明的科技未能灿然完备而延续于世，形成可与欧洲现代科学相媲美的独立完整体系。要强调的是，《圣经》的创世观只是在现代科学兴起所必需的特殊文化土壤中，提供其中必要的元素之一，并非唯一或充分的元素。假若没有现代社会兴起的历史条件，现代科学也未必会在彼时彼地崛起；反之，那些没有《圣经》创世观影响的地方，在现代科学的影响下也可继续投身和推进科技的发展。
在当代，科学和宗教的关系又出现一种新的复杂情况。由于科技的发展给人类社会带来空前巨大的影响，在带来物质财富的同时也在产生一系列的问题。现代科技的一些最新进展，都对人类存在方式，尤其是伦理和道德提出了新的拷问。这时，人们自然会想起爱因斯坦的名言：“科学没有宗教就像瘸子，宗教没有科学就像瞎子”。而怀特海的话则进一步解说：“宗教符号赋予人们生命的意义，
