学校坐落在历史悠久、山清水秀、人文荟萃的古都南京，拥有汉中门和仙林两大校区。其中，于 2002年大胆开辟的仙林新校区占地1500亩，仅用短短三年时间已完成了教学、实验、图书、行政办公、学生宿舍和生活设施用房等各类建筑418253平方米，综合科研大楼、药用植物园也即将启动，基本建成集生态型、数字化、园林式为一体、具有传统文化气氛和时代气息的新型大学园区。
南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。 1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育之先河。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。学校每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在学校设立了奖、助学金，资助中医药高等教育。香港念慈庵奖教金及美国施祖谷奖教金也先后在我校建立。
经过“十五”的努力与发展，我校办学结构调整和办学规模扩大取得阶段性重大进展，办学活力显著增强，综合办学实力明显提升。面向“十一五”，我校将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使我校成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。
