南京中医药大学始建于 1954年10月15日，初名江苏省中医进修学校，后经江苏省中医学校，扩建为南京中医学院，1995年经国家教育部批准正式更名为南京中医药大学，发展至今已历经了半个世纪的岁月洗礼，是全国建校最早的高等中医药院校之一。
建校之初，学校为落实毛泽东同志提出的“中医药学是一个伟大的宝库，应当努力挖掘加以提高”和当时国家的卫生工作方针，在浩如烟海的古籍中积极挖掘、整理和编写了新中国高等中医教育第一套教材和教学大纲，培养和输送了以董建华、程莘农为代表的第一批师资，接受并培养了第一批外国中医留学生，诞生了承淡安、叶橘泉等一批新中国中医药界最早的学部委员，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“高等中医教育的摇篮”。
半个世纪中，学校一贯坚持以中医药为主体的办学特色，始终如一地秉承“严谨治学”、“继承创新”的优良传统，按照科学发展观的要求，根据自身条件与办学潜力，立足江苏，面向全国，放眼世界，主动服务社会、地方经济及整个中医药行业发展需要，取得了显著的办学成果，现已建设成为隶属于江苏省政府的教学研究型重点高校。
学校现设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、高等职业技术学院、成人教育学院和国际教育学院（港澳台培训中心）等 12所学院；有省级教学实验示范中心建设点5个；有江苏省中医院、江苏省第二中医院、南京市中医院、常州市中医院、无锡市中医院、徐州市中医院、苏州市中医院和昆山市中医院共8所附属医院，以及中西医结合临床医学院（南京市鼓楼医院）1所；有教学医院近20所，教学及毕业实习基地近100个，实现了万人大学的规模。学校拥有15个本科专业，30余个专业方向，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，初步形成了以中医药为主体，多学科相互渗透、优势互补、协调发展的办学格局，建成中医内科学、中医外科学等10余门省级以上优秀课程，温病学、中医儿科学还被列入国家精品课程，大批特色专业和品牌专业不断涌现，综合办学实力稳步发展。
学校同时也是世界卫生组织（ WHO）传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，15个博士点、19个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主要学科专业的教授评审权；还是国务院学位办、教育部、卫生部、国家中医药管理局授予的临床医学博士、硕士专业学位试点单位，具有在职人员申请硕士学位的授予权。学校还多次被评为江苏省文明单位、高校党建与思想政治工作先进单位和首批高校校风建设优秀单位。
