罢官归田之后，朱彝尊继续收书。有些早年所见的图书，历经几十年的寻觅，才在他的晚年得以抄存。如《崇文书目》，他求之四十年而不可得，回到嘉兴后，听说范氏天一阁有藏本，于是请人转抄寄来。至于流入中国的日本书《吾妻镜》，朱彝尊曾于康熙三年（1664）在高承埏家的稽古堂见过这本书，四十三年后才得以收藏插架。康熙十一年（1672），朱彝尊在福州求访《淳熙三山志》，没能见到。三十年后，他在武进庄氏家的书目中看到此书，也没有能借观。又过了六年，徐乾学的二儿子章炯用二十两白银买得《淳熙三山志》，朱彝尊借回抄录下来。再如姜夔《绛帖平》六卷，朱彝尊也搜访了四十年才抄得。
康熙十七年（1678），朱彝尊在江宁，听周在浚说，曾见过周应合《景定建康志》的阙本。但他访求了三十年，而没能一睹它的庐山真面目。康熙四十六年（1707）九月，朱彝尊去真州使院，发现曹寅的书架上有《景定建康志》五十卷，连忙借归抄录。古话说“踏破铁鞋无觅处，得来全不费功夫”，岂是之谓欤？
平湖佑圣观中的道士李延昰是朱彝尊的老朋友。这位同志初名彦贞，字我生，后改字辰山。清初，他参与了唐王政权的抗清斗争。事败后，遁迹于道观，自称道士，行医自给。在平湖道院的三十余年中，李延昰成了藏书控，得钱即买书，积书至四五十柜，藏于“放鹇亭”中。行医余暇，读书遣日，花香茶热，蛮享受的。康熙三十六年（1697）冬，朱彝尊到平湖探望病重的老友李延昰，李氏披衣起坐，拿出自己撰写的《南吴旧话录》和《放鹇亭集》交给朱彝尊，同时将所藏二千五百卷藏书一并相赠。
在朱彝尊藏书不断增加的同时，也有部分书籍流失出去，有借去不还的，有被偷走的，也有残缺不全的。到朱彝尊七十岁时，前后获书总计八万卷。庭前万竿竹，堂上四库书。朱彝尊兀坐在如此大的书城中，岂不沾沾自喜？岂不猗欤休哉？虽南面王不易矣。作为一个骨灰级的书虫，他老人家把这八万卷藏书大略都啃过。礼部尚书韩菼见朱彝尊著书、收藏日富，很是羡慕。他对门人张大受说：“我贵为尚书，何如秀水朱十，以七品官归田，饭蔬饮水，多读万卷书啊。”
江南夏季多雨，空气潮湿，因此，曝书是藏书家每年必做的事，朱彝尊藏书既多，曝书的任务也就非常繁复。康熙三十五年（1696）夏，朱彝尊在竹垞荷花池南建了座曝书亭，作为晒书、游玩和休息的地方，亭子旁边有菱池、芋坡、桐阶、鸭滩等园景。曝书亭呈正方形，短槛虚棂，没有四壁。北檐下的“曝书亭”三字匾额为朱彝尊的同年严绳孙所书。亭子北面两青石柱上镌刻着汪楫书写的杜甫诗联：“会须上番看成竹，何处老翁来赋诗。”“上番”是四川方言，指植物不断成长。“曝书亭”也被朱彝尊用作书斋名。书斋名常常能反映出主人的趣味。林语堂曾经把书斋名分为四派：一派是经师派，如“抱经”、“攀经”、“诂经”、“潜研”之类；一派是名士派，取名多有诗意，如“涵芬”、“庸闲”、“双梅影”、“水流云在”、“仰视千七百二十九鹤”等；一派是纪事的，如“三希”、“铁琴铜剑”等；又一派是言志的，如“知不足”、“有恒心”、“知未信”。朱彝尊用“曝书亭”作为书斋名和文集名，也属于言志一派。坐拥书城给他以人生最大的满足。
在曝书亭及荷花池之西有“潜采堂”，其大部分藏书分为经、艺、史、志、子、集、类、说八门藏于其中。“潜采堂”东、“桂之树轩”后是“静志居”。另外，醧舫、娱老轩也藏有部分图书，书橱以数目字排列。
朱彝尊曾打算根据家中藏书编写全目，可惜这一心愿没能完成。现在传世的书目有《潜采堂书目》四种，包括《全唐诗未备书目》、《明诗综采辑书目·采摭书目》、《两淮盐策书引证书目》、《竹垞行笈书目》。《全唐诗未备书目》是朱彝尊为编纂《全唐诗》提供的一份包括一百多种书的参考书目。《两淮盐策书引证书目》引书三百三十六种，其中有关盐政的专书有二十三种。现在，朱彝尊为曹寅编辑的《两淮盐策书》虽然已经亡佚，但是能够看到《两淮盐策书引证书目》，也算是“尝鼎一脔”了。《竹垞行笈书目》一卷，收书七百余种。这份书单是用六绝“心事数茎白发，生涯一片青山，空林有雪相待，古道无人独还”来编目的。行笈是出行时携带的书箱。朱彝尊外出常带书籍，此其常备书之书目。如果说其藏书是他的朋友的话，那《竹垞行笈书目》的书就是他的密友。另外，还有《曝书亭书目》一卷，错综登载，不以四部为序，但记册数，不记卷数，收书二千四百余种，这也不是朱彝尊藏书的全目。此外，又有《潜采堂宋金元人集目》一卷，著录宋人别集一百三十七种，是为善本之目。康熙三十八年（1699），朱彝尊撰成《曝书亭著录》八卷。他在自序中叙述了平生读书、爱书、得书、藏书的大略经过。
朱彝尊藏书非常重视版刻的完善。对于残本，必定寻觅善本、古本以拾遗补缺。如洪适《隶续》有二十一卷，范氏天一阁、曹溶古林、徐乾学传是楼、含经堂所藏仅有七卷。后来朱彝尊访得琴川毛氏的旧抄本。虽残缺过半，而七卷之外，增加了一百一十七翻。朱彝尊又依娄机《汉隶字源》目录次序，取陈思《宝刻丛编》摘抄的《隶续》题跋，使全书内容差不多还原了四五成。
康熙二十二年（1683），朱彝尊从王士禛池北书库抄录乐史《太平寰宇记》，尚缺七十余卷。二年后，又借徐乾学传是楼藏本，缮写补充，不过还缺河南道第四卷、江南西道第十一至十七卷。听说黄冈王泽宏购得上元焦竑所藏足本，等到询问后，才遗憾地得知卷数残缺相同。
仁和人吴任臣于康熙十八年（1679）举博学鸿词科，授检讨，和朱彝尊是同年好友。他购藏的欧阳忞《舆地广记》宋刊本在他死后落到朱彝尊手上，但该刊本缺少开头的二卷。徐乾学总裁《一统志》，调来文渊阁的旧日藏书。《舆地广记》开头二卷也在其中。朱彝尊赶忙传写，使之成为完书。因为是亡友的遗物，朱彝尊不肯把此书轻易地借给别人。
朱彝尊对藏书非常珍惜，得到珍版书籍往往重新装帧收藏，如从海盐陈氏得到《成都文类》宋刊本就是如此处理的。朱氏所有藏书都要在卷首盖上藏书印。在难得的善本上，朱氏会钤上“购此书，颇不易，愿子孙，勿轻弃”十二字白文。这枚藏书印的另一面刻有他的朱文戴笠小像。此外，他还有“梅会里朱氏潜采堂藏书”朱文象牙印、“我生之年岁在屠维大荒落月在橘壮十四日癸酉时”朱文方印、“得之有道传之无愧”朱文方印、“秀水朱十潜采堂图书”朱文方印、“小长芦钓鱼师”朱文腰圆印、“竹垞读本”白文长方印等。可以说，爱书是他的一种发自内心的感受，藏书是他维系终生的爱好。同时，他又愿意开放自己的图书，供别人阅览。三岁丧父的沈镡就常常借观朱彝尊的藏书。
注重雠校也是朱彝尊藏书的特点。如宋建隆初年王溥编撰的《五代会要》三十卷，朱彝尊抄自曹溶古林。康熙三十三年（1694）春，他又从商丘宋荦那里借来江西旧抄本，与前抄本勘对。由于曝书亭藏书既富且精，徐乾学、王士禛、宋荦、曹寅、查慎行等人纷纷前来借观、抄录。浙江归安(今湖州)人郑元庆应湖州知府陈一夔的请求，打算编写《湖录》，苦于家贫无书，朱彝尊听说后，邀请郑元庆下榻在曝书亭附近，并拿出自己的全部相关藏书，供郑氏阅览采择。汪森撰《粤西诗载》、《粤西文载》、《粤西丛载》，徐乾学辑印《通志堂经解》，都受惠于朱彝尊的藏书。这样的珍罕图书也是从朱彝尊手上流播开来的。李文藻《琉璃厂书肆记》甚至说:曝书亭的藏书，曹寅都抄有副本。如《石刻铺序》、《宋朝通鉴长编纪事本末》、《太平寰宇记》、《春秋经传阙疑》、《三朝北盟会编》、《后汉书年表》、《崇祯长编》等书都是钞本。能从曝书亭藏书中抄录大量珍贵典籍，这是曹寅藏书量丰富、藏书质量高的重要原因。正如叶昌炽《藏书纪事诗》所说：“绿树芳秾小草齐，楝花亭下一尊携。金风亭长来游日，宋椠传钞满竹西。”
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