凡此种种，使得江青总想把肖华打入“叛徒”集团，欲置他于死地而后快。
早在山东工作时，肖华便知道叶群生活糜烂。50年代，陆定一的妻子严慰冰也曾向肖华反映过叶群的男女作风问题。肖华因而对叶群不太理睬。于是，在对待肖华的态度上，江青和叶群有了共同语言，曾恶狠狠说过：“人家欺负咱们，咱俩联合起来，你的仇我报，我的仇你报。”
1967年5月13日，在北京展览馆礼堂发生了一场小型武斗（史称“五一三事件”）后，“无产阶级司令部”开始依靠“三军党委”和“三军无产阶级革命派”来左右军队“文革”。肖华的工作从此更加日益艰难，多次要求向林彪汇报工作，却一再遭到拒绝。叶群也曾对林彪秘书张云生说：“首长和我的态度一致，如果肖华来，你就说首长最近出汗了，肖华的事转不上去。”叶群还特意就此事打电话给江青：“故意晾晾那个姓肖的，让他在火上煎着，总政的事，全军文革的事，他都得顶着，哪一头出了问题，都跑不了他。”
“第一夫人”与“第二夫人”的联手，让肖华更加在劫难逃。
惨遭七年囚禁
“文革”初期，林彪、江青便频频向肖华发难，指使造反派对肖华抄家和多次批斗。叶剑英、徐向前等几位老帅为肖华伸张正义，与陈伯达、江青之流进行了针锋相对的斗争。毛泽东也明确表示要保护肖华。周恩来甚至在1967年3月3日，召开了总政系统及军队院校造反派参加的6000人大会上，专门批评了造反派揪斗肖华、冲击军队的恶劣行径：“你们在座的没有一个比我了解肖华，他是我看着长大的，他连衣服都穿不好时，我就认识他。他是毛主席调来的，毛主席信任他，培养他，他的第一个启蒙老师就是毛主席。他从红小鬼到总政治部主任，跟着毛主席南征北战几十年，总是处于斗争的第一线，哪里困难哪里去。这样一个好同志，怎么会反对毛主席，反对党呢？你们会唱《长征组歌》吗？你们能写出来吗？对毛主席没有深厚的感情是写不出来的。‘毛主席用兵真如神’这一句是传神之笔，《长征组歌》每一段我都会唱，你们为什么不准唱？你们凭什么说《长征组歌》是大毒草？”
可在林彪、叶群的唆使下，黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作继续组织造反派对肖华进行了批斗。
5月13日，在林彪、江青的挑动下，分属两派的军队和地方造反派为文艺演出由谁参加的问题，大打出手，死伤多人。肖华果断地平息了这场武斗。而林彪、江青却挑动造反派，把这次事件嫁祸到肖华头上。叶群还指使造反派把批判肖华的大字报贴到天安门广场。肖华被批斗一个多月后，因身患肝炎，不得不给毛泽东写信告假。毛泽东指示：造反派不要再搞了，肖华身体本来不好，让他休息几天，若真有问题，“书面检查，以此了案”。
然而，林彪、江青并未就此罢手。
7月25日，林彪在天安门城楼指示造反派说：要彻底砸烂“总政阎王殿”。自此，肖华被连续批斗。
8月，在黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作的操纵下，一大批造反派疯狂地冲进总政大院，把标语贴满墙壁。其中一则标语捏造事实称：“毛主席说，肖华是扶不起的天子。”
12月，造反派炮制了一份《关于反革命修正主义分子肖华的罪行和处理意见的报告》，分别上报毛泽东、林彪、中共中央、中央文革小组，不仅罗列了肖华的“六大罪状”，还说：“总政治部长期被彭德怀、黄克诚、谭政、罗瑞卿、肖华所把持，经过他们苦心经营，变成了水泼不进、针插不进的资产阶级独立王国，一个刘、邓设在我军的黑店。”
1968年元月，林彪、江青反革命集团把肖华极其秘密地关押在离总政不远的一个叫做松树胡同的小院里。肖华从此被囚禁。
囚禁肖华的屋子只有5平米，窗户用铁板钉死，屋里吊着日夜通明的100瓦灯泡，一个枪口从门上的小孔伸进来，肖华睡觉必须脸迎着灯光和枪口。因“态度顽横，拒不交待问题”，肖华常被打得遍体鳞伤。在被囚禁的日子里，肖华每天的食谱都是：早饭，半个窝头、一碗玉米面糊；中饭，一个窝头、一碗菜汤；晚饭与午饭相同。
肖华被抓的前5个月，肖华夫人王新兰也被抓走。获释后，王新兰便开始打听肖华的下落。而社会上对肖华的传言很多，有的说已不在人世了；有的说被秘密处决了；有的说自杀了；有的说病死了。好不容易王新兰从一张小报上看到张春桥称：“林副统帅说过，肖华是三反分子这个案子，什么人也翻不了。”王新兰由此判断，肖华还活着，于是给毛泽东写了一封长信，通过王震交给叶剑英，叶剑英把信交给了毛泽东。毛泽东批示：“王新兰说肖华不是三反分子，请中央文革小组讨论。”可由于当时林彪、江青的干扰，结果不了了之。
1971年9月13日，林彪折戟沉沙温都尔汗。有人暗示肖华说，只要去给江青道个歉，就可以免于坐牢。肖华斩钉截铁地说：“我没有错，我宁愿把牢底坐穿！”
又过了两年，王新兰给周恩来写了一封要求见肖华的信。经周恩来批示，王新兰和孩子终于在别后5年见到了肖华。肖华全身浮肿、毛孔出血、神情呆滞、令人怆然。王新兰和孩子忍不住哭了，但因有专案组的人监视，一家人什么话也不敢说。
终于重见天日
1974年9月，在庆祝建国25周年前夕，中央派人将出席天安门国庆观礼的领导人名单送毛泽东审定。毛泽东仔细看了一遍名单，什么话也没说，退了回去。几天后，经修改的名单又送到毛泽东面前，毛泽东照样什么也没说，又退了回去。9月29日，名单第三次送给了毛泽东，毛泽东看了半天，亲手添上了肖华、刘志坚两个人的名字。
以江青为首的“四人帮”慌了，因为他们万万没有想到，毛泽东竟然想起了已被关押七年的肖华，遂立即指示专案组释放肖华。但肖华偏偏不走：“当初你们为什么抓我？现在为什么放我？我要一个文字结论。”造反派无奈，只好接来王新兰，让其劝劝肖华。
看到肖华身上的衣服已经烂成一条条，且已相当憔悴，王新兰想到的只是希望丈夫早点离开：“主席让我们回去就回去，是是非非一时怎么说得清，孩子们都在家等着你呢。”面对相濡以沫的妻子，肖华这位久经沙场的战将，才在老泪纵横中叹了口气：“好吧。”
9月30日，肖华出席了国庆招待会。周恩来感慨万分地握着肖华的手，久久不放，但却说不出一句话。
次日，被囚禁七年的肖华出现在天安门城楼上。
听说肖华出狱了，年近90的朱德让康克清打电话，说想见肖华。肖华夫妇来到朱德家，朱老总一手拉一个看了又看，连连说，“回来了就好。”朱德指着满屋子的书说：“肖华啊，你被抄了家，什么都没有了，你平时爱学习，就把这些书拉走吧。”肖华说不出话，使劲摇了摇头，落下了眼泪。
肖华被暂时安排住在京西宾馆。来看望肖华的人络绎不绝。许世友一见肖华，就失声痛哭：“肖主任，你冤枉啊！”
1977年4月，邓小平、陈云找肖华谈话，说兰州是林彪、“四人帮”祸乱的重灾区，请他去担任兰州军区第一政委并兼任甘肃省委书记。多则三四年、少则两三年。哪知道肖华直到1984年才调回北京，陈云曾为此内疚地对肖华说：“你在西北呆的时间长了点。让你受苦了！”
1983年6月，肖华当选为六届全国政协副主席。他写诗自勉道：“南征北战，饱尝风霜。青春献给民族解放，壮年织进祖国锦绣新装。老骥奋发，雄心激荡。四化征程搏风击浪，余辉焕发同样是满天霞光！”
1985年8月12日，肖华在北京病逝，享年69岁。弥留之际，肖华还喃喃地说：“这么多年，是党把我培养大的，可我为党和人民做的事太少、太少了……”中共中央总书记胡耀邦俯在他耳边大声说：“你为党、为人民奋斗了几十年，党和人民是不会忘记你的！”
