按照马蔚华的预想，壹基金也会像商业机构一样，建立一个落实到每个人的考核机制，绩效考核和薪酬挂钩，赏勤罚懒。“你看这不是和我在招行干的一样吗？其实西方很多已经这么做了。”
马蔚华还通过研究西方公益组织的管理办法，对比中国慈善的发展现状，思考了公益组织在资金使用和管理上共同面临的问题，并建议中国相关部门在组织制定慈善法律法规时，能够引入西方较为成熟的信托机制。
“从国际通行规则和我国相关市场的经验来看，我国公益慈善基金管理体制的主要缺陷，就是缺乏国际公益慈善行业普遍采纳且行之有效的信托机制，因此很难像国外信托制度下的公益慈善基金那样，管理角色分工明确、风险制衡、透明高效、持续发展。”马蔚华说。
马蔚华向《中国经济周刊》表示，中国人对公益慈善事业的认识还不充分。事实上，财经与慈善是一体的，完全可以用商业的头脑做公益。然而，国家对于公益事业的财产管理制度、统计制度、准入制度、公益机构的分类分级监管制度等明显不足，应加快对其立法和相关制度的建设。
当有人被问到“用现代企业的管理模式会不会导致募集资金的滥用”时，马蔚华表示，企业管理不是把基金用去做生意，是说用办企业的方法来办基金会。用管理企业的方法来管理基金会，可以使基金会的治理结构和管理效率更高，既让捐款者满意也会让用款者提高善款使用效率。
对话马蔚华：
理事会平时沟通用微信，
大事打电话或见面聊
《中国经济周刊》：怎样保证慈善基金的安全？
马蔚华：首先是制度保障。制度强硬，必须这样做。再就是推进道德和自律。制度和文化道德的结合就可以减少风险的发生。
《中国经济周刊》：企业家们组成的理事会，在讨论问题时会不会有一些碰撞？
马蔚华：在大方向确定的前提下，如何去实现，是有过一些争论，但是这是好的。但我觉得不能因为这些争论而影响大事业，也不能因为大家争论不绝就影响了效率。我想，要有广泛的争论，还要有一个高效的决策和有力的执行。
《中国经济周刊》：慈善组织资金管理引入信托机制最大的阻碍是什么？
马蔚华：一是法律制度有障碍，二是公益组织内在的动力缺乏。有的时候是法律制度有，你不一定愿意做；有的时候你愿意做，法律不一定健全、支持。所以，两方面得相辅相成。
《中国经济周刊》：你平时和李连杰、王石等其他理事会成员都怎么沟通？
马蔚华：我以前是打电话发短信。当了理事长之后，我开始用微信，在微信群里交流。但重要事情，最好是打电话、见面谈。
税前扣除资格对公益组织的益处
《企业所得税法》规定：“企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。”个人所得税方面，个人的公益捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额30%的部分，可以从应纳税所得额中扣除。公益性捐赠所得税税前扣除资格的取得，一方面降低企业捐赠税收负担，提高企业捐赠积极性，鼓励企业投身公益，回馈社会；另一方面能拓展公益性社会团体的经费来源渠道，推动公益慈善事业的发展。
