复杂架构隐藏的关联交易
由马云一手缔造的阿里巴巴，目前是中国最大的电子商务集团，为全球650多万商家和近3亿消费者提供电商服务，主要收入来源于“淘宝+天猫+B2B”，前两者收入占90%以上。
其中，B2B收入来自所收取的中国供应商的年费、服务费及广告费；淘宝收入则完全来自各种广告收入，如与大卖家签订的KA框架协议（一年150万元起）、直通车P4P、钻石展位业务、超级卖霸、天天特价等，以及少量的软件订购费；天猫收入则主要来源于广告、销售额分成和服务费，比如对卖家收取技术服务年费：6000元/年，销售分成是3%～5%不等。某种意义上来讲，目前的阿里巴巴更像一个定位明确的互联网广告公司。
在此业务布局之下，阿里集团的组织结构令人眼花缭乱。25个事业部、200多家子公司，令其成为中国互联网公司中架构最庞杂、关联交易最复杂的电子商务集团。下面的文字和图表是对阿里集团结构的一个大致的描述概括：
按照业务，阿里巴巴集团分为25个事业部和2个事业群，但在实际运营时，又有一套子公司体系，共有9大子公司群，包含200多家子公司（含壳公司和关联公司），子公司和事业群之间无明显对应关系，但互相交叉、彼此关联，呈现两大特点：
首先，事业部业务彼此交叉、边界模糊。
2013年9月10日，阿里巴巴宣布了最新一次架构和人事变动，新增两个事业部并升级了2个事业群，至此阿里共有25个事业部+2个事业群。这些事业部业务彼此交叉、边界模糊、名称近似甚至部分员工是同一批人。
阿里事业部包含的共享业务事业部、商家业务事业部、综合业务事业部、互动业务事业部，没有任何公开资料显示它们之间有明显区别。
一位阿里员工入职时在一淘，后来被并入无线团队，之后又到了搜索事业部。而就在不久前的一个早晨，这位员工收到邮件，发现被归入新设立的淘点点事业部。
其次，集团下属子公司及关联公司更加复杂。
多位业内人士曾表示，拥有25个事业部、200多家子公司的阿里巴巴，是中国互联网公司中架构最庞杂、关联交易最复杂的一家，这在一定程度上削弱了雅虎等大股东对公司的知情权，却保证了马云等管理层对公司业务的控制力。
更复杂的还有阿里巴巴集团下属的子公司及关联公司。阿里集团旗下不为公众所知的子公司及关联公司可能多达200家以上。
根据阿里内部财务资料，阿里内部的子公司分为九大体系：集团国内公司、集团海外公司、B2B国内公司、B2B海外公司、阿里云、阿里金融、淘宝、支付宝、雅虎，每个体系都下属6070家不等的国内外子公司或者关联公司。这些公司部分是马云个人持股或拥有80%以上的绝对控股。
这种复杂的集团公司架构虽然并不意味着内部必然存在着关联方交易，但是这种关联交易存在巨大隐患。投资者很可能认为：既然马云几乎在每一个阿里重要业务线之外都布局了大量关联公司，少数由自己控股的公司，那他就可以通过它们控制住阿里利益和业务输入、输出，必要时也可进行腾挪、转移。
下面几个实际情况实际上就暗含着关联方交易的发生：
例如，支付宝和阿里巴巴之前应当存在密切的数据和经营往来（每完成一笔费用，阿里需要向支付宝支付费用。2010年在淘宝每成交1000元，淘宝可收入2.5元，其中0.7元给了支付宝）。而浙江淘宝网络、浙江天猫网络等马云持股80%的公司与阿里现有业务高度相关，都属于持续性关联交易。
阿里和支付宝之间无法划分清楚，阿里向卖家收取佣金，向支付宝支付手续费，如果想让支付宝多赚钱，就提高手续费，降低佣金比，那么自然利润调转入支付宝，反之则转出。
再如，与国内其他关联交易复杂的公司不同的是，阿里巴巴集团的VIE结构属性，注定其需要在中国大陆设立全内资持股的可持牌公司。例如，阿里巴巴B2B公司2007年于香港上市时公布的招股说明书称，杭州阿里巴巴广告有限公司（简称“杭州阿里巴巴”）为中国内地拿牌公司，阿里巴巴（中国）网络技术公司（简称“阿里巴巴中国”）对其进行协议控制，而阿里巴巴中国为B2B业务的主要运营公司之一（其他还有三家运营公司），且是Alibaba.com香港有限公司100%控股的企业。工商注册资料显示，上述浙江淘宝网络和浙江天猫网络为主要持牌公司，而这些牌照是涉及到营利性质的网站才需要办理的。这说明，该公司并非简单的持牌，亦存在交易。
如此复杂的关联方交易会直接导致资本市场对其不信任。而马云及管理层也很难做到披露的完整，投资者很容易怀疑马云随时可以在不告知股东的情况下对这家公司的业务或业绩进行调整而进行利益输送。
这种不信任还将令阿里在美上市之后，面临远高于其他公司的诉讼风险。在美国，股东可以站在上市公司的立场上起诉董事和高管。近年来，这些诉讼律师已经瞄准了中国公司，任何造假和违规都有可能引发诉讼和高额赔偿。
可变利益实体
可变利益实体（Variable Interest Entities，简称VIE），即某一利益实体是某一企业实际或潜在的经济来源，但该企业本身对此利益实体并无完全的控制权，需要在利益实体与企业之间达成一种协议，通过协议来实际控制利益实体。因此，VIE又被通俗解释为“协议控制”。根据美国财务会计标准委员会（FASB）制定的FIN46条款规定：承担VIE主要风险和收益的“第一受益人”需要把VIE资产合并人自己的财务报表.作为表内资产加以披露。
在国内，使用VIE模式最频繁的领域要算风险投资最集中、最狂热的互联网行业，这种模式因最早由新浪和搜狐设计用来进入纳斯达克市场而又被称为“新浪模式”、“搜狐模式”。国内对互联网公司的政策规定比较明确，一是互联网业务（即电信增值业务）禁止外资进入，二是某些特殊领域如网络新闻业务、网络视听业务只能是全资的内地公司才能申请牌照。为达到政策规定的要求和境外上市的要求，因此需要成立405个公司，并在各公司之间进行严格的责任与义务界定。VIE模式中公司结构的复杂性、协议条款的繁杂及为规避国内互联网政策而绞尽脑汁的设计，既是互联网这类新兴行业的一种变通与周旋，也反映出网络公司在国内外两种环境下运行的艰难。
