与西医不同，中医治疗疾病通常是多药联合应用，这导致中医对不同药物间的相互作用（相互协同与制约）有着深入的认识，进而发展形成一门独特的学科——方剂学。虽然西医也认识到不同药物之间存在着相互作用，影响药物的疗效与毒副反应，但西医在此领域尚没有形成完整的理论体系，更没有形成一个完整的学科。在西医学中，肿瘤学科对化疗方案的制定特别强调联合化疗与药物的相互作用，但与中医的方剂学相比，其对药物配伍关系的认识还处于很初级的阶段。
为什么中医特别强调药物的配伍使用而西医却没有发展出方剂学呢？这与中西药物的药理特点有密切的关系。医学.教育网整理西药大多数是化学合成药物，其机理通常是首先发现针对某种疾病有治疗作用的先导化合物，再对其进行结构改造，合成大量的化合物（可以达到数以千计甚至数以万计），从中选择最优的化合物开发成新药。已有的药物也不断经过结构改造更新换代，使得单一药物的药理活性不断增强，其疗效已与最初的先导化合物相比有了很大的提高，所以西医在很多情况下可以使用单一或者简单几种（通常是两种到三种）药物治疗疾病，因而很难发展出方剂学。西医所谓的先导化合物，其中一部分就是来自植物或其他天然药物。所以通常中药的有效成分都相当于西医所谓的未经结构改造的先导化合物，其治疗强度相对较低，需要多种药物配合使用，增强药物的治疗作用。同时由于中医治疗有个体化的特点，同一疾病往往可以区分为几种不同的证型，并常需要根据患者的具体情况对个别药物进行调整（随症加减），这就要求药物必须联合应用，以适应患者不同的情况。另外，中药具有多靶点的特点，同一中药往往含有多种有效成分，具有多种功效，这就需要使用其他药物来调节该药物的功效，或增强其疗效，或增强/改变其靶向性（影响药物作用的靶点，如引经药物的使用或拮抗其毒副反应等，上述原因都导致了中医方剂学的产生。如引经药物的使用），或拮抗其毒副反应等，上述原因都导致了中医方剂学的产生。
