医院现有国家重点实验室1个，部级重点实验室2个，中心开放实验室34个；设有中国循证医学中心，国家新药、中药安全性评价中心（GLP），国家药品临床研究基地（西药和中药GCP），国家新药药效评价中心，国家化妆品安全性和功效性检验机构等。近五年来，获得国家自然科学基金、科技重大专项、973、863、科技支撑、公益性行业科研专项、等国家计划项目700余项，年均科研项目经费上亿元。近五年来获各级政府科技奖90余项；申请专利490余项，已获专利授权270余项；发表科技论文在全国医疗机构中名列前茅，其中被SCI和MEDLINE收录及表现不俗科技论文数量连续多年名列全国第一。
目前，华西医院已逐步形成了一条专业从事医药成果转化的华西转化医学研究链。2012年在四川省科技厅、成都市科技局和高新区政府支持下共建西部医药技术转移中心，并获批成为国家科技部“国家技术转移示范机构”，整合“政-产-学-研-资-用”转化医学资源优势，搭建了面向全国的、开放的技术转移服务平台，加速医药科技成果转化；2014年底获批建设省内首家转化医学工程技术研究中心。与此同时，医院依托国家重点实验室、各开放实验室、公共技术平台、国家GLP中心、国家GCP基地、国家灵长类实验动物基地（国家级猕猴繁育基地，种群规模3000余头）、国家新药药效评价中心等平台，构建了从原始研发到生产流通的新药创制的创新产业服务链。
管理方面，华西临床医学院/华西医院实行“两块牌子、一套班子”的管理体制。院领导班子及管理团队认真学习贯彻党的十八大精神，扎实推进党的群众路线教育实践活动，以十八届三中、四中全会及习近平总书记系列讲话精神为指导，深刻分析深化医药卫生体制改革带来的机遇与挑战，以精细化管理为抓手、提升核心竞争力为目标，从学科发展、人才培养、医疗服务、教学改革、科研体制创新、人事制度与薪酬体系改革、职工关爱等方面开展了一系列管理改革实践，为学院/医院的可持续发展提供了不竭动力。在国家卫生计生委历次医院管理年活动及各类专项工作中，华西医院均取得优异成绩并多次获得表彰。自2008年以来，先后荣获亚洲医院管理金奖4项、银奖3项，是中国大陆医院获评该奖项目数最多的医院；荣获中国医院协会科技创新奖一等奖1项、三等奖4项。
后勤保障方面，我院依托信息化平台的有力支撑，在设备采购、物资配送、耗材管控、设备维保、基建管理、动力运行保障、能耗管理、安全保卫、财务管理、国有资产监管、医保业务核算、膳食保障等方面持续推动渐进性的改革，构建起一套现代化的后勤保障体系，培养了一支敬业务实、高效专业的管理和技术骨干队伍，充分保障了医院业务的高速发展。华西医院是全国首批节约型公共机构示范单位，多年来能耗均低于业务增长量；连续多年获评省市公安系统平安示范先进单位；后勤支持保障体系建设项目获得中国医院协会科技进步一等奖。
