学校教育教学质量稳步提高。目前，学校共有各类全日制在校学生1万多人。2004年，国家教育部对南京医科大学本科和七年制教育教学工作进行全面质量评估，结果为双优成绩。学校现有2门国家级精品课程、20门省级优秀课程和2个省级优秀课程群，建成1个省级实验教学示范中心和2个实验教学示范中心建设点，有2个专业被列为省级品牌专业，1个专业被列为省级特色专业，有多部教材获国家和省级奖励。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，被评为“2004年江苏省毕业生就业工作先进集体”，多次获得江苏省“文明单位”、“文明学校”称号。
学校拥有良好的办学条件和基础设施。设有五台校区和江宁校区。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是科研和研究生教育中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，于2003年9月正式启用。学校图书馆藏书总量达94万余册，有中外文期刊4700余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有《南京医科大学学报》、《临床皮肤病学》、《临床神经病学杂志》、《江苏医药》等11种学术期刊。数字化校园建设为教学、科研、管理和学习提供了极大便利。
近年来，南京医科大学开展了广泛的对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校先后与美国、日本、法国、澳大利亚等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系，并聘请了一批知名专家、学者担任学校名誉教授、客座教授。同时，学校还定期派遣教师出国交流访问、留学进修。学校于2002年开始招收留学生和港澳台学生，现有留学生和港澳台学生300多人。
七十年来，南京医科大学秉承“博学至精，明德至善”的校训精神，始终坚持“医学与人文融通、教学与科研并重、基础与应用结合”的办学理念，为国家培养了近2000名博士、硕士研究生和四万多名本科毕业生，他们大多分布在全国各地的医院、疾病控制中心、医学研究机构和卫生行政部门，许多毕业生已成为国内外著名医学专家和学者，为我国医学教育和卫生事业的发展做出了重要贡献！
回首过去，岁月峥嵘；展望未来，前程辉煌。南京医科大学全校师生员工正怀着“十五”丰收的喜悦和胜利的信心，积极谋划和实施“十一五”发展规划，全校将戮力同心，追求卓越，着力提升办学层次和水平，力争在学科建设、人才培养、科学研究、管理水平、办学效益等方面取得更大成就，努力把学校建成一所高水平、有特色、多科性研究教学型医科大学！
