南京医科大学成立于1934年，时名江苏省立医政学院，是国内最早开展研究生教育的高等学府之一。1957年，学校更名为南京医学院。1962年，学校被列为全国首批六年制医药院校。1981年，学校被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，学校更名为南京医科大学。
南京医科大学是江苏省属重点高校。目前，学校设有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医政学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、鼓楼临床医学院、国际教育学院、继续教育学院和高等职业技术学院等13个学院和1个独立学院――康达学院。在南京、常州、无锡、苏州、淮安、杭州等地拥有18所附属医院和30多所教学医院。
经过全校教职员工不懈努力和奋斗，学校学科建设水平显著提高。学校现有3个博士后流动站，拥有一级学科博士学位授权点3个（基础医院、临床医学、公共卫生与预防医学），二级学科博士学位授权点35个；一级学科硕士学位授权点7个，二级学科硕士学位授权点55个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学等6个学科门类，有3个国家重点学科培育点和7个省级重点学科。学校设有3个七年制专业（临床医学、儿科医学、口腔医学）和2个六年制双学位专业（医学司法鉴定、卫生法制），有11个本科专业。
“十五”期间，学校科研水平得到迅速提升。建成1个国家重点实验室培育基地、1个部级重点实验室、2个省部共建重点实验室、7个江苏省重点实验室和工程研究中心。承担省级以上研究课题530项，其中主持国家科技攻关项目1项，国家“863”项目3项，“973”项目3项，获得国家自然科学基金课题119项，是“九五”期间的4.4倍。获各类科技成果奖877项，其中国家级奖励3项，省部级奖112项。全校发表“SCI”论文数量由2001年的17篇增至2005年的100多篇，获得“全国百佳优秀博士论文”1篇。
学校拥有一支水平较高的师资队伍。现有教授150多人、副教授400多人，在编教职工1500多人，在编教师中有国家“新世纪百千万人才工程” 国家级人选1人，国家杰出青年科学基金获得者2人，享受国务院颁发的政府特殊津贴专家15人，获得“全国五一劳动奖章”1人，全国优秀教师3人，全国优秀骨干教师4人，卫生部突出贡献专家1人，省“有突出贡献中青年专家”15人，省“333工程”第二层次培养人选9人，省“青蓝工程”优秀学术带头人21人，省“六大人才高峰”7人，获得“霍英东教育基金会高等院校青年教师奖”4人。南京医科大学还是国家卫生部认可的全国进修基地和教育部批准接受留学生学习的高校之一，与南京大学、东南大学、南京农业大学一起成为江苏省高层次人才培养计划――“333工程”培训基地。
