一、两者资金运作程序不同
会计集中核算制度中，财政部门跟进用款计划和核定预算，把各个单位的预算资金首先拨付到其在核算中心所开设的统一的一个账户中。各个单位在拨付资金的时候，首先要向核算中心下达付款通知书，会计核算中心根据付款通知书，把财政资金通过统一的账户拨付给用款单位、商品或劳务供应商，但是其资金余额一直可以在会计核算中心的账户上得到显示反映。国库集中支付制度则是各个预算单位根据财政部门所批复的资金使用计划和部门预算，首先要向财政部门的国库支付中心提出支付申请，国库支付中心要根据要求对支付申请进行审核。在确认审核无误以后，再给代理银行下达支付资金的命令，此时财政资金就会从财政的单一零余额账户上直接拨付给了劳务或商品供应商，国库支付中心要通过人民银行的国库单一账户及时办理资金清算业务。
二、两者在监管手段上的不同
会计集中支付制度是预算单位对于会计形式的一种改革，主要是把原来分散在各个单位的会计核算业务进行集中，通过集中核算，主要以用款支出作为依据进行审核，属于会计监督范围。国库集中支付制度则是属于国库收支制度改革的重要内容，主要是以财政资金集中为核算的，通过国库支付中心的控制，对部门预算进行监管的一种手段，所有的支出都是要通过国库单一的账户系统支付给用款单位或劳务、商品供应商。
三、会计集中核算与国库集中支付的融合
实现会计集中核算和国库集中支付的融合，主要包括以下两个方面:
(一)在会计集中核算的单位实行国库集中支付制度。首先，可以在会计预算中心设立资金部，对于预算单位统一设立一个单一的账户，并且给其设立一个零余额账户。其具体做法和程序是:第一，财政主管部门将各个预算单位报送的年度预算计划分解到各月，每月由国库部门核拨经费，下达额度到预算单位开户行及预算单位零余额账户。第二，核算中心负责及时接收、下载国库部门发来的相关数据，并要向核算部门及时提供各个预算单位的用款计划资金结余情况。会计核算中心核算部在预算单位用款计划结余数以内，对各个预算单位资金支付申请进行审核办理，并且在办理支出过程中不超计划。第三，会计核算中心的资金部要根据各个预算单位当月用款计划总额以及单一账户的实际支出进度，在满足各个预算单位计划内用款和节约国库资金占用等原则下，向国库部门及时提出单一账户的用款申请，等待国库部门批准同意后，把资金直接拨付到会计核算中心的单一账户。第四，各个预算单位要在国库集中支付的范围内向下属单位拨付经费和支出资金，并将凭证报送到会计核算中心核算部，由核算部审核批准后，填写单位账户向零余额账户预算拨款凭证和零余额账户支付凭证，送往开户银行进行资金划拨支付。各预算单位零余额账户在业务办理完成后，账户余额仍然为零。
(二)在国库集中支付制度下实行会计集中核算。会计集中核算各项制度直接寓于国库集中支付制度，此时会计集中核算是国库集中支付制度的平台。国库集中支付制度带来的将是资金运动过程和资金支付管理方式的根本性改变，必然导致政府会计发生革命，其会计核算形式也将会有一个全新的改革。在国库支付中心内设机构来实现会计集中核算制度和国库集中支付制度的有效融合。
四、结语
无论采取何种方式对国库集中支付制度和会计集中核算制度进行融合，除了融合本身，还需要财政管理体制相应配套改革，例如财政部门要加强预算编制，加强对预算指标重点控制。要进一步加强预算编制方法的改进和完善，要用部门预算来取代基数预算，建立更为准确详细的部门预算。
作者：曹迎莉
