国传统历法)两历参用。因此，在中国的皇家天文机构中回回天文家一直是起着重要作用，回回天文学也一直占有重要地位，许多伊斯兰教徒电以此作为世业。到基督教人华以前，钦天监中，“回教徒同中国天算家之共同工作，已经有数百年年之久了。当第一批耶稣会士留居南京时，南京北极阁之天文台上还住有回教徒。”因此，对于伊斯兰教来说，在蒙古人政权退出后，钦天监无疑是其在统治机构中立足的唯一一个凭藉，是其最后的主要阵地。然而，基督教人华以后，这最后的阵地也马上成为耶稣会士觊觎的对象。当利玛窦1601年来到北京后，很快他就发现中国统治者“最重视的是星象、口月食的推算，尤其是一种能制定历书的人才”，因此，1605年5月，他就写信向他的上级建议“派遣一位长于天文的神甫或修士来北京”。到1629年，当被誉为“中国天主教三大柱石”之一的徐光启到礼部任职后，由于传统的大统历与回回历法推测日月食的屡次失验，在徐光启的推荐下，天主教耶稣会士的势力很快介入到中国官方天文机构中。1629年，崇祯帝正式批准礼部开设“历局”，聘用耶稣会士参与修历，由此也揭开了天文机构中回回天文学家与基督教传教士艮期斗争的序幕。
明清之际，从1629年耶稣会士龙华民、邓玉函参加历局开始，到人清以后，以汤若望为首的耶稣会士入主中国官方天文机构，钦天监中，回回科及回回天文家一直是耶稣会士欲排挤的主要对象之一。顺治元年(1644)十月，“回回科不许再报交食”，三年(1646)五月，“回回凌犯历不必用”，到顺治九年(1652)年五月，屡次攻击打压之后，汤若望甚至又奏请“回回科不必再报夏季天象”，实际取消了回回科的天文工作。后来发动康熙“历狱”的杨光先在顺治十七年(1660)所撰《孽镜》中的一段话很能说明当时的情况：
羲和之旧官不讲羲和之学已十七年矣!是羲和之法已绝，而未绝者，独回回科尔。若望必欲尽去以斩绝二家之根诛，然后新法始能独专于中夏，其所最忌，唯回回科为甚。
虽然杨光先对基督教怀有极度的仇教情绪，但这一记述基本反映了清初以来，汤若望利用职权打压异己天文学，尤其打击回回科的事实。在屡遭打击的情况下，顺治十四年(1657)，因故已遭革职的回回秋官正吴明炫开始反弹，上疏乞存回回科，并抨击西法舛谬，最后以“诈不以实”，被入狱拟绞，后幸遇赦得免。康熙三年(1664)，杨光先借口西洋“历法荒谬”，耶稣会士“邪说惑众、潜谋造反”等掀起了康熙“历狱”，在这场反教斗争中，以吴明炫为代表的回回天文家与以杨光先为代表的汉族士大夫中的仇教势力联合，最终成功搬例汤若望。之后，杨光先出任钦天监监正，吴明炫先补授监官，不久被提升为监副，继而，吴明炫又抓住机会恢复了回回科在钦天监的地位。但好景不长，1668年11月，康熙开始彻查历法问题，经过一系列测验取证，最后杨光先、吴明炫以“逐款不合”失败，而南怀仁则以“逐款皆符”取胜，由此“大统、回回两法俱废，专用西洋法”。1669年，杨光先、吴明炫被黜，汤若望平反，南怀仁升任钦天监正。至此，中国伊斯兰教与基督教在上层统治机构——钦天监中的斗争以回回天文家的失败而告终，而伊斯兰天文学则彻底在中国官方舞台上销声匿迹。
自从明崇祯二年(1629)耶稣会士进入历局，一直到清道光十七年(1817)，外国传教士供职钦天监的惯例一直保持，而在清顺治康熙两朝，由于耶稣会士修历有功，对星象、日月食的推测相对准确，满清统治者对其恩宠尤甚。1652年，清顺治帝御赐天主教堂“钦崇天道”匾额，并于1653年4月，赐汤若望“通玄教师”的尊号，1658年又再度加封正一品“光禄大夫”，1670年，“历狱”结束后，康熙还亲书“奉旨归堂”四个大字送给被扣押在广州的神甫，康熙还曾两次亲临天主堂，并在回朝后御题“万有真原”匾额，命悬挂于天主堂内，还摹写若干分送各省天主堂。1692年，康熙明确发布诏令，准许天主教在中国公开传教。这些都明显提高了天主教传教士的声望，从而也提高了天主教在中国的地位，为其传教活动提供了便利。因此，清初天主教在中国的发展极为迅速，中国天主教士徐宗泽说，在清初天主教“已发扬光大，几普及全国矣。”到康熙四十年(1701)，中国天主教徒的人数已增加到30万，比17世纪上半叶的10万人翻了三番，其发展的势头及在中国社会的地位已经远远超出了伊斯兰教。而伊斯兰教虽然到明末已经日益本土化，并形成固定信仰群体，但是却一直居于中国主流文化之外；在明清时期，作为一种原本“非本土”的文化，也从未得到类似基督教曾经获得的殊荣。清初钦天监的斗争以回回天文家的失败而告终，伊斯兰教在中国官方的最后一块阵地也化为乌有，伊斯兰教在中国的地位每况愈下。
不可否认，作为“一种完整文化的不自觉的载体”，传教士的活动也确实为近代中国带来了先进的科学知识，但是，传教士来华的初衷决定了其所做的一切都是服务于传教这一终极目的。因此，当耶稣会士凭借其所掌握的先进的近代科学知识博得了中国封建统治者的恩宠，当耶稣会势力进入到中国的官方天文机构，元代以来一直在天文机构中占有重要地位的伊斯兰天文家也势必成为耶稣会士排挤打击的主要对象。因此，明清之际回回天文家与耶稣会士在钦天监中的斗争在所难免，而这种教徒之间斗争的背后所代表的往往就是宗教的利益。因此，明清之际，回回天文学家与耶稣会士在钦天监中的斗争，其实质远远超过政治权利本身，实际上代表了伊斯兰教与基督教这两大宗教在华的冲突。
不过到18世纪初，肇始于17世纪初的欧洲天主教与中国封建统治者的“礼仪之争”全面激化，1721年以后天主教在中国随即遭到全面禁止。在这种情况下，两大宗教在中国的斗争也就无从谈起了。
结语
天主教来华之后，原本处于弱势地位的伊斯兰教又遭到了更大排挤，这种内外的双重压力无疑进一步刺激了中国回回民族文化意识的觉醒；同时，基督教的适应性传教策略也为身处困境的中国伊斯兰教发展提供了极为有益的借鉴，尤其耶稣会士以儒家思想解释天主教教义的做法，给中国穆斯林学者以极大启发，从而促进了伊斯兰汉文译著运动的形成，乃至也推进了中国伊斯兰教的本土化进程。
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