如果我们愿意调整自己的本体论的看法，那么相应地在认识论中的自然科学和社会科学的二分法就只有相对的意义，而且所谓对自然界应该采取说明的方法，而对人类活动的意义必须采取解释或理解的方法，这看法的基础也就不再牢固。
（2）从科学方法论来看，自然科学和社会科学的区分也不是一成不变的，它们各自内部的特征也不是完全一致或一成不变的，这既为两大科学的潜在统一提供了有利条件，又说明这种统一只能是多样性基础上的历史的动态的统一。首先，从历史上看，自然科学和社会科学只是到一定发展阶段后才分开，而在分开之前它们已混在一起已有相当长的时间了，特别是我国古代天人合一的辩证哲学思想至今仍然是中医学的一个重要组成部分。这说明社会科学和自然科学的方法论是可以一致的。自然科学和社会科学的区分主要是19世纪以后的事情。而现在不仅社会科学越来越多地运用所谓自然科学的方法，而且出现了越来越多的交叉性学科，这更是它们直接统一的例证。随着时间的延续，这种相互渗透性也许会更多。其次，自然界内部的各个组成部分的特征也有不太一致的方面，因而才有有机物和无机物、动物和植物、生物和非生物、人类和非人类等的区分。相应地，物理学和生物学存在着很多不一致的特征。但是我们并没有因此否定自然科学内部的统一。同理，我们也不应该否定物理学、生物学和社会科学三者之间具有统一性，但是这是一个有差别的多样性的统一，而且这种统一不需要把人类社会完全还原为生物的强自然主义。
（3）从人与自然和谐发展的现实需要来看，也需要自然科学与社会科学的统一。虽然自然科学、人文科学和狭义的社会科学自分开以来，各自得到了飞速的发展，但是人类发展科学的最高目的是为了服务于人类自身。当前，人类的生存和发展与自然产生着日益严重的冲突，这固然是人类实践的结果，但是也与片面的自然科学观有一定的关系。而生态伦理学、医学伦理学和科学发展观等学科和思想的出现说明了人类已经开始在思想观念和实践活动层面上对两大科学进行整合。如果说近代工业革命促进了自然科学的分门别类地迅速发展及其与传统社会科学的分野，那么如今工业发展及其被滥用的恶果又促进了自然科学与社会科学的融合。
3统一所面临的困难和问题
自然科学和社会科学的统一所面临的困难和质疑很多，不过主要是两大类型，一是科学方法类型的，二是有关自然界和人类社会之间的区别问题。这是两大相关联的问题。涉及到科学方法类型的主要是，很多人仍然认为自然科学的理论具有逻辑性强、可预测性和清晰性的特点，因而它们可以采用数学工具和实验检验的手法，客观性似乎更强。而社会科学的理论则不具备上述特征，特别是人文科学更差些。笔者认为这里首先应该搞清楚方法的三个层次，一是具体学科的方法，二是一般科学方法，三是哲学层次的方法。具体学科的方法最具有个性，它可能只是被某个学科所特有，企图在这个层次追求统一确实比较困难，所以应该在后两个层次去追求统一要相对容易些，比如前文所说的中医学中的中国古代哲学理论基础，它为中医学既提供理论基础，又提供哲学层次的方法，这种哲学方法就具有相当高的普遍性。系统论等一般科学的方法几乎可以为所有自然科学和大部分社会科学提供方法论的支持。我们应该注意的是，系统论最初只是自然科学的方法，而后来才被人们发现是一个同样适用于社会科学的方法，所以我们还应该用发展的观点看待统一。其次，人文科学的可预测性和逻辑性确实要差些，这是一个事实。不过，由于自然科学率先走向了科学化的道路，并且取得了远比社会科学大的成就，因而人们已经形成了对科学形象的思维定式，似乎逻辑性和可预测性等只有达到和自然科学一样的程度才能称为科学。事实上，即使在自然科学内部，各学科的可预测性也不一样，甚至连物理学内部也做不到同样的可预测性，不然就不会有几率论和决定论之争。当然科学正是为了寻找规律，规律要求有可预测性，否则不成其为规律。我们只是要求改变对规律的机械看法，允许不同的事物在规律的可预测性上稍有区别。另外，必须指出的是，两大科学的统一问题，既涉及本体论意义上的自然界和人类社会，又涉及到认识意义上的自然界和人类社会。规律和人们对规律的认识是不同的，人们只能得出对规律的近似的认识。自然界和人类社会在本体论上虽然同属物质世界，但是两大物质系统的确各有个性，因而我们既不能要求两大物质系统的规律在某些性质上完全一样，也不能要求在认识方法上完全一样。此外，关于说明（explain）方法适用于自然科学，理解或解释（interpret）方法适用于社会科学特别是人文科学的问题，这只能是相对而言的情况。我们已经知道，观察渗透理论，任何自然科学的认识活动同样必然具有前见，同样拥有解释学循环，这和人文社会科学是一样，只是程度不同而已，而且说明方法不为自然科学所独有，理解方法也不为人文社会科学所独有。
总之，自然科学和社会科学的统一是辩证的历史的统一，是在多层次多视角上的有差别的统一，是一个相互渗透的过程，而不是一个完全吞并另一个，也不是完全等同。
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