1、先秦哲学研究
首先，通过出土文献的研究，对先秦思想史上的许多观念进行了新的诠释探讨。
“性与天道”的问题。此问题属儒家的“形而上”思想，传世的先秦儒家文献虽有之，但为孔子所“罕言”，一般认为至宋明理学才把这一问题突出出来。但郭店楚简中的《五行》、《性自命出》等篇，集中论述的就是“性与天道”。因此，学界对此问题在先秦儒家思想中所占有的重要地位有了新的认识。
“性与情”的关系。郭店楚简中的“性与天道”思想重视“情”，《上博简（一）》将《性自命出》改名为《性情论》。对“情”以及对“乐”之作用的重视，反映了先秦儒家思想与社会生活和人的情感的密切关系，这与宋明理学的重“性”贬“情”有着不同的思想倾向。因此，“理性与情感”遂成为先秦儒学以及宋明理学研究中的一个重要问题。
儒学与经学的关系。儒家的“六经”体系以前一般认为至汉代才形成，但郭店楚简中的《六德》和《语丛一》已将《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》并列。郭店简文中频繁地引《诗》、《书》，有的是引所谓“《古文尚书》”的内容，几篇文献与《礼记》（包括《大学》与《中庸》）有密切关系，《上博简（一）》中有前所未见的《孔子诗论》，这些都使学界更为重视对先秦儒学与经学关系的重新认识。
儒学与治道的问题。郭店简《唐虞之道》篇集中论述“禅而不传”的思想，认为君位的继承若不是“禅让”而是“传子”，则不能“化民”。《上博简（二）》中的《子羔》和《容成氏》也是主张“禅而不传”，大意是说“至于禹而德衰”，这与孟子所说禅让与传子“其义一也”以及荀子否认“禅让”说有明显的不同。因此，对于儒学的民本主义与君主制“家天下”的关系问题，学界已有新的认识。另外，郭店儒家文献强调君主自身要率先做到“忠信”，君对臣应该“忠敬”，父子关系高于君臣关系，这对于重新认识儒家的“以德治国”思想和君臣关系理论也提供了新的认识视角。
其次，近年来一些出土文献的发现有可能改写先秦哲学的学术谱系。
在郭店楚简中，道家文献有竹简本《老子》和《太一生水》，前者的字数只占传世本《老子》的2/5，后者为前所未见。儒家文献有《缁衣》、《五行》，以及前所未见的《性自命出》、《唐虞之道》、《穷达以时》、《六德》、《忠信之道》等。《上海博物馆藏战国楚竹书》已出四册，第一册有前所未见的《孔子诗论》和见于郭店楚简的《缁衣》、《性自命出》等，第二册有内容见于《礼记·孔子闲居》的《民之父母》和前所未见的《从政》、《子羔》、《容成氏》等，第三册有迄今发现最早的古本《周易》和前所未见的《中弓》、《恒先》、《彭祖》等，第四册有前所未见的《采风曲目》、《逸诗》、《昭王毁室》、《相邦之道》、《曹沫之陈》等。这些文献的成书年代及其与传世本的关系等问题，学术界的认识不一，而不同的认识便涉及先秦哲学的学术谱系。
如竹简本《老子》与帛书本、传世本《老子》的关系问题，学界形成几种不同的认识，这就把一直有争论的“孔老先后”问题发展到一个新的阶段。关于儒、道关系问题的新探讨，也必然涉及如何判定竹简本《老子》的性质。这些问题目前还不可能取得比较一致的意见，但近期已有多篇关于如何认识竹简本《老子》的学术综述，这反映了学界对此问题的关注，可望对这一问题的认识能有所进展。《上博简（二）》中的《民之父母》有“无声之乐，无体之礼，无服之丧”的表述，其内容见于《礼记》的《孔子闲居》，以前认为这是儒家受到道家“无”之本体论影响的结果，但《民之父母》的出现，使学者们重新考虑儒家自身的“形而上”思想。郭店楚简的几篇儒家文献，学界一般认为其成书年代在“孔孟之间”，但也有不同观点。因这些文献与孔门七十二子、子思、孟子、《礼记》等有密切的关系，所以先秦儒家的学术谱系也是学界需要解决而正在深入探讨的问题。
2、秦汉思想史研究
秦汉时代的思想、制度、文化转型奠定了此后两千年中国历史的格局，因此探讨秦汉思想及其历史地位颇具重要意义。近年来，由于现代新儒家的“三期发展说”略过了秦汉，遂使秦汉思想的研究处于相对比较沉寂的状态。不过，即使在新儒家内部对于秦汉思想的历史地位也有不同看法，如徐复观的《两汉思想史》便给予了两汉思想以极高的历史评价。此外，钱穆先生的西汉今古文经学的研究，特别是《刘向歆父子年谱》一书，基本上澄清了清代以来关于汉代经学的误解。近年来，在台湾关于历代经学文献的研究逐渐盛行，林庆彰曾主持编集了经学的研究资料，同时组织了多次经学讨论会。另外，近年来关于汉代思想整体的研究，台湾的龚鹏程曾撰有《汉代思潮》一书。
在大陆，关于汉代经学的研究近年来也被一些学者所重视。如陈苏镇曾就汉代春秋学与汉代政治的关系，撰有《汉代春秋学与政治》一书，着重于探讨汉代经学特别是春秋学与汉代政治格局的关系。在汉代经学系统的研究上，王葆玹成果突出，他曾出版了《西汉经学源流》一书，对西汉经学的系统和文献源流进行细密的考证研究，在此基础上又扩展为《今古文经学新论》一书，成为近年来经学研究的代表性著作。
汉代思想的显著特色是对先秦时期诸家思想的整理和综合，经学便是儒家采纳道、法、墨、阴阳等家思想，而融贯成的新的儒家思想体系。同样，在汉代同时还发生着从其他思想立场出发的综合融会工作，《淮南子》一书便是这种工作的代表，即所谓杂家。对于杂家的研究，一方面可以将其作为先秦思想的集成，而从中爬梳追溯先秦思想的材料及其在秦汉时期的变化，而另一方面则可以为我们理解汉代对先秦思想的总结和综合的整体面貌及其气度，提供经学之外的另一条路径。陈静的《淮南子》研究是汉代杂家研究的最新进展，她的新著《自由与秩序的困惑》一书填补了汉代杂家特别是《淮南子》研究的空白。
3、魏晋思想研究
魏晋玄学研究自汤用彤先生开辟以来，一直是中国哲学史学科中的一个重要方面。其与佛学之传入和中国化之关系，其与宋明道学之兴起的内在思想史逻辑，都曾是前辈学者反复致思之所在。90年代以来，魏晋玄学研究曾经出现了一次不小的研究高峰。王葆玹在90年代出版了《玄学通论》一书，将此前他对正始玄学的研究扩充到整个玄学系统的研究。最近他又计划在以前的玄学研究基础上继续扩展，完成《魏晋隋唐时期的文化与玄学》一书。2004年底，余敦康先生出版了总结其多年玄学研究成果的精心之作《魏晋玄学史》，该书兼重玄学的思想系统和历史发展，是近年来玄学研究的代表作。
4、宋元明清思想研究
宋元明清时期，据日本学者的历史分期，称之为中国的近世，或中国的前近代。唐宋文化转型后的中国是近代中国历史的基础，因此，其在思想史和社会政治史上的重要性毋庸置疑。以往这一时期的思想史研究，习惯上宋、明连续，这主要是出于将宋明理学作为一个完整而连续的系统来对待，清代思想史则被视为对宋明理学的反动。
近年来，由于对宋明思想史的研究已经大致打破了仅以宋明理学为研究对象的研究范式，因此出现了两种倾向：一是北宋思想史的地位日益重要，这意味着宋学而非仅宋明理学成为了研究宋代思想史的出发点。这种转变并不意味着理学或道学的重要性降低，而是更关注于道学兴起的历史动因及其政治文化功能。近年，余敦康著《内圣外王的贯通》、卢国龙著《宋儒微言》等，都是对宋学中几种不同话语与北宋政治的关系加以研究，基本上将宋学作为不同政治论纲的思想来看待。李存山关于范仲淹与宋代儒学复兴的研究，也是着眼于对宋学兴起的动因及对宋学整体和道学之精神实质的理解。在余英时的《朱熹的历史世界》一书在大陆出版以后，李存山发表《宋学与〈宋论〉》一文，除了对余英时把道学与宋代士大夫政治文化相联系的主要观点给予肯定之外，还对王夫之和余英时有关宋学的某些论说进行了商榷。
二是明清思想史的连续性得到了重视，钱穆和余英时的清代思想史研究着眼于清代思想与道学的内在关联，把清代的考证学取向作为道学逻辑中对“道问学”的强调来看待，以有别于明代王学的“尊德性”。鉴于宋元明清时期思想史的重要性，大陆已有学者将这一时期的思想史称之为近世思想史，如陈来即把其专论此一时期思想史的论著命名为《中国近世思想史研究》。
在宋元明清思想史研究的复杂变换之中，坚持道学研究的传统仍然是主流。陈来最近出版了研究王船山道学思想的大著《诠释与重建———王船山哲学的精神》，重新将王船山放置在宋明道学思想的谱系中来加以定位，是王船山研究的重要新成果。彭国翔的《良知学的展开》勾画了晚明心学的整体图景，是近年来晚明心学研究的重要著作。马晓英的颜钧和泰州学派研究，也填补了晚明思想史研究的空白。
5、道家和道教研究
90年代以来的道家、道教研究，具有道家与道教合流的趋势，出现了“道学”的提法。这方面的代表有胡孚琛、吴光、宫哲兵等学者。同时在道家哲学研究中出现了两种趋向：一是西方学者对道家的生态哲学关注很多，试图从道家思想中发展出一种一般的生态哲学；二是在道家、道教思想的基础上提出“新道学”，将其作为一种适应现代社会的普世性的思想系统，胡孚琛在《道学通论》等著述中对此有多种论述。关于运用“道学”或“新道学”来描述在现代社会中展开道家思想的努力是否恰当，学界仍有争论。董光璧、陈鼓应、冯达文等都主张运用“新道家”的提法。
在道教研究方面，养生学日渐受到重视。在美国的波士顿成立了养生学中心，德国慕尼黑正在筹办养生学的国际研讨会。与此相联系，内丹学研究也渐成为国际道教研究的热点，内丹学中的身心哲学问题受到国内外学者的重视，同时也出现了“身体哲学”的提法，“可思维的身体”观取消了身心之间的二元对立，而将身体视作是物质与精神的中间层次。在这些方面，中国社科院哲学所胡孚琛的研究居于国内外领先水平。
近年来，道家道教研究的一个基础工程是编修了《中华道藏》。该项目由中国道教协会、中国社科院道家道教研究中心和华夏出版社共同发起，随后又得到了国家宗教事务局的正式批复，得到了国家古籍整理小组的鼓励，被列为“十五国家重点出版规划项目”。2003年，煌煌49册的《中华道藏》终于完成。
6、佛教思想史研究
中国的佛学研究从民国时期现代学术建立以来即从属于中国哲学史或思想史研究，当然在佛教内部也一仍旧贯，始终延续了其教义教理的研究。值得反思的是，在民国佛教复兴运动中兴起的支那内学院的佛学研究（吕澂先生特称之为“院学”），却不是以上两种研究框架所能容纳涵盖的，而这种研究却由于1952年支那内学院的解体而不复存在。无论是支那内学院的所谓“院学”，还是中国哲学史或思想史的佛学研究，以及佛教内部的教理教义研究，严格说来都与近代欧洲兴起而影响至日本的佛教学不同。在检讨近期以来的佛学研究时，我们发现随着佛教研究的逐步恢复和发展，学界关于佛教研究方法及旨趣的思考也在逐步展开。其中的一个主要潮流是集中思考如何在中国建立真正意义上与欧美日本佛教学研究接轨的佛教学研究。当然，在此潮流当中也发生了一些批评性的意见，即为确定中国自己的佛教研究的特色，我们应该如何建立自己的研究方法。与这种反思意识配合，中国佛学研究界的一些青年学者开始关注日本佛教学界80年代以来出现的“批判佛教”思潮，借用日本佛教学内部对于自身研究局限的思考来重新为我们自身的佛学研究定位。
汤用彤先生的佛教史研究一直是典范之作，在这一典范的影响下，佛教学界形成以史学意识为主的佛教史学研究。这一史学意识在建国后与马克思主义的意识形态方法结合，成为马克思主义的佛教研究，并形成了80年代具有代表性的《中国佛教史》一书。90年代以后，参与该书撰写的专家都纷纷转入更为精深的历史研究，开展出众多佛教宗派研究的新局面。其中，禅宗史研究是重中之重，杜继文和杨曾文分别撰写了两部禅宗史。此外，洪修平和魏道儒的禅宗史和华严宗史研究也颇具代表性。最近，龚隽和徐文明的禅宗史研究是这方面的新成果。近年来，唯识宗和天台宗研究逐渐兴盛，涌现出许多有价值的专著。在唯识学研究方面，比较有代表性的有徐绍强、程恭让、张志强、魏德东、周贵华等学者。天台学方面则以张风雷、李四龙为代表。值得关注的是，方广锠的藏外文献和佛教经录研究，是佛教教史和教理研究的基础，且为编撰新的佛藏准备了前提。方立天近年出版的几部佛教研究专著，系统阐述了中国佛教哲学，是中国哲学史范式中最具代表性的著作。近年来，对近代佛教的研究也成为热点，在这方面有筚路蓝缕之功的是楼宇烈，他的近代佛教人物研究将学界的注意力引向了近现代佛教，太虚、欧阳竟无以及章太炎、梁启超等人的佛教思想都成为近代佛教研究的重心。在这方面，麻天祥、李向平的近代佛教思潮研究，程恭让的欧阳竟无研究也具有代表性。
在诸多研究当中，还出现了一种强调佛教与中国思想史脉络之间有机关联的研究倾向，这一倾向力图将佛教研究与中国思想史研究结合起来，使佛教研究成为透视中国思想史的一个视角。张志强目前承担的国家社科基金课题“二十世纪佛学思潮与中国思想的现代转换”便是这一方向上的努力，并且已完成和发表了《哲学、史学与量论》一文。
7、近现代思想史研究
在近十多年的近现代思想史研究中，对现代新儒家的研究成果颇为显著。方克立主持的国家重点课题“现代新儒学思潮研究”开创了使现代新儒家研究成为显学的新局面。在这方面，郑家栋出版了《现代新儒学概论》等多种专著，其他如黄克剑的《挣扎中的儒学：论海峡彼岸的新儒学思想》、方克立的《现代新儒家与中国现代化》、陈来的《人文主义的视界》、颜炳罡的《当代新儒学引论》等都很有研究深度，力图对新儒家思想作出反省和超越。在方克立、李锦全主编的“现代新儒学研究丛书”中，人物研究系列的郭齐勇著《熊十力思想研究》、曹耀明著《梁漱溟思想研究》、张祥浩著《唐君毅思想研究》、宋志明著《贺麟新儒学思想研究》，吕希晨和陈莹著《张君劢思想研究》等，以及专题研究系列的陈少明著《儒学的现代转折》、韩强著《现代新儒学心性思想研究》、武东生著《现代新儒家人生哲学研究》、李毅著《中国马克思主义与现代新儒学》、赵德志著《现代新儒家与西方哲学》、施忠连著《现代新儒学在美国》、卢升法著《佛学与现代新儒家》等，都是研究现代新儒家的重要成果。2005年在武汉大学召开了第七届当代新儒学国际研讨会，与会的一百多位中外学者围绕会议主题“儒学、当代新儒学与当代世界”进行了广泛深入的探讨，此次会议标志着当代新儒学研究进入一个新阶段。
在对以新儒家为代表的文化保守主义研究之外，对中国马克思主义和自由主义的研究也是近现代思想史研究的重心所在。如徐素华的《马克思主义哲学在中国》对于马克思主义哲学在中国的传播、发展和中国化，以及马克思主义哲学在“中、西、马”互动中的主导地位，进行了深入、系统的阐述。中国社科院哲学所张利民在自由主义和中国马克思主义的思想史研究方面开始较早，积累深厚，在国内学界具有一定的影响力。李存山对于儒家思想的近现代转型，特别是对于张岱年在三四十年代的新唯物论思想，也有比较深入的研究。2005年在吉林大学召开第五届马克思主义哲学论坛，会议主题之一是“中西马”对话与建构中国化的马克思主义哲学形态。张岱年、冯契的哲学思想在马哲论坛上受到研究者的重视，他们的思想在京沪两地也曾举行专题会议进行研讨。
8、中国哲学学科发展趋势
中国哲学（史）学科是一个以基础研究为主的、作为哲学理论研究一个分支的学科。因此，它除了遵循其自身的即所谓“内在理路”的发展规律之外，它还要面对时代的现实问题而进行反思，不断地与时俱进。随着我国社会主义现代化建设的发展，我国经济实力的日益提升，“构建和谐社会”、“以人为本”、“科学发展观”、“以邻为善”和“和谐世界”等发展战略的提出，以及面对全球化给人类造成的一些全球问题，如何使中国哲学研究更多地联系现实问题，弘扬中国哲学和文化的优秀传统，以应对时代现实问题的挑战，使中国不仅成为一个经济大国，更成为一个文化大国，即“德力俱足”、“硬实力”与“软实力”俱足的国家，为中国的社会主义现代化建设和中华民族的复兴，为世界的和平、人类的共同进步与天人和谐，作出自己的贡献，此为中国哲学学科发展的努力方向。
近年来，关于文明对话中儒家传统的作用和地位问题，以及由此展开的关于儒家的“和谐”“民本”思想、儒家与宗教、儒家与生态、儒家与全球伦理等问题的讨论，以及2005年学术界举办的“中国哲学的现代化与世界化”、“朱子学与和谐社会”、“朱熹思想与现代社会”、“文明的和谐与共同繁荣”、“自然·和谐·发展———弘扬老子文化”等学术研讨会，都昭示了中国哲学研究不仅具有重要的历史文化和理论价值，而且具有重要的民族复兴、文明对话和人类共同进步的现实价值。（2005年郭沂发表的《儒学当代发展的回顾和展望》、张利民发表的《不断丰富、发展传统美德内涵》、李存山发表的《“人本”与“民本”》《忠恕之道与世界和平及环境保护》，都注重阐发了儒学的现实意义。）
时代问题的解答对中国哲学（史）学科可能有的要求，大致有以下几方面：
首先，严格说来，中国哲学是在世界历史的“轴心时期”发生在中国的“哲学突破”的一种类型，其后果是产生了与西方和印度不同的中国文明类型。这种“哲学突破”而形成的文明类型主导了以后中国历史演化的方向和性格。因此，对中国哲学的研究实际上便是对中国文明类型的因素、原理和观念的研究，通过对中国哲学的研究，我们不仅要知道中国文明的独特价值，更要知道这种独特价值是如何塑造着中国的历史、安顿着中国人的生命、组织着中国人的社会生活的。因此，通过对中国哲学的精神、结构和原理及其历史形成的研究，更深入地理解中国文化的内在价值及其历史逻辑，以应对今天中国的文化处境，是中国哲学研究的基本任务。正是在这个意义上，中国哲学研究需要不断地回溯到轴心时代。因此，先秦、秦汉的哲学研究一直是显学，其重要性由于近年出土文献的发现和整理而更加突出，在今后仍然会继续成为中国哲学研究的热点。
其次，中国文化从先秦诸子到汉初的“独尊儒术”，此后形成儒道互补和儒、释、道三教并行的基本结构。这种基本结构不仅贯穿中国的历史，而且影响中国的现在与未来。因此，对于汉代的儒道互补，两汉经学与魏晋玄学，儒、释、道三教哲学的研究，以前是、今后也将是中国哲学研究不可或缺的方面。对于儒、释、道三教的关系以及形成这种关系的社会历史环境和文化根源的研究，以及对于儒、释、道三教与基督教、伊斯兰教的比较，不仅可以深入理解中国历史文化的内在意蕴，而且有助于探讨今后中国文化和世界文化的“多元互补”“和而不同”的发展途径。
第三，在经历了魏晋南北朝和隋唐时期的“儒门淡薄”之后，北宋时期儒学呈现复兴之势，道学或理学兴起，历史学家谓之“中国文化造极于赵宋之世”（陈寅恪语），现代新儒家称此为“儒学的第二期发展”。宋元明清哲学作为中国前近代的“近世”哲学，在一定意义上提供了中国近代哲学所由以出发的应对西方文化的挑战而实现近现代转型的思想观念的前提。对于宋代儒学复兴的社会背景和文化条件，宋明理学与佛道二教的关系，宋明理学的“内圣”与“外王”、道义与功利、道统与政统的关系，宋明理学的理本论、气本论和心本论等派系的关系，宋元明哲学与清代考据之学（或宋学与汉学）的关系，宋明理学与西方哲学的比较，宋明理学与中国近现代的文化保守主义、自由主义和马克思主义的关系等，这些问题都将可能成为进一步研究的热点。
第四，在经历了“关于中国哲学的合法性”讨论之后，对于中国哲学理论的宏观研究有可能继续。关于中国哲学的世界普遍性和民族特殊性，中、西、印哲学的比较，中国哲学和中国文化的特质，中国哲学的“实质系统”与“形式系统”，以及这一系统内部的本体论与宇宙论、天人关系、人性论与价值观、“尊德性”与“道问学”、政治哲学、历史哲学和生态哲学等等，都可能在今后有更深入的研讨。
第五，中国历史和中国文化在近代面临“三千年未有之变局”，中国社会、文化和哲学都处于近现代的转型之中。中华民族在经历了近一百多年的挫折、屈辱和奋斗之后，终于衰而不亡、衰而复起，在本世纪之初呈现民族复兴之势。于此形势下，反思中国传统文化与现代性的关系，回顾中国近现代哲学的发展历程，检讨文化保守主义、自由主义和马克思主义这三大思潮之间的关系，探讨如何在“中、西、马”哲学的对话与良性互动中坚持马克思主义哲学的主导地位，探讨弘扬中国哲学的优秀传统与发展马克思主义哲学、使其进一步中国化的关系，探讨中国哲学的优秀传统对于建设中国特色的社会主义、实现民族复兴以及维护世界和平、保护生态环境的重要价值，这些都将使中国近现代哲学研究呈现新的局面，其学术地位和现实意义也更加重要。
