三、建立健全主体功能区建设与推进公共服务均等化的财政政策
（一）完善生态利益补偿制度
限制、禁止开发区在主体功能区建设因提供了生态产品，牺牲了自身经济发展，减少了财政收入，需要通过利益补偿弥补其减少的财政收入。但当前我国生态补偿存在主体单一、方式不稳定、“一刀切”和标准偏低等问题。完善生态利益补偿政策需要建立以下制度：一是建立生态补偿长效制度。在继续推进退耕还林还草工程的基础上，适当延长生态利益补助期限，同时支持一些可开发的项目，以补充生态补偿资金的不足。二是健全生态保护法律体系。将生态补偿纳入法制化轨道，进一步完善《生态环境保护法》，用法律制度保障限制、禁止开发区域群众生存权和发展权。
（二）加大转移支付力度
前面分析限制、禁止开发区域的基本公共服务水平与优化、重点开发区域存在较大差距，同时，限制、禁止开发区又主要集中基本公共服务水平相对薄弱的中、西部，分布在基本公共服务水平较低的广大农村中。因此，在推进基本公共服务均等化的过程中，必须将提高限制、禁止开发区基本公共服务质量和整体水平作为重中之重来解决。而财力是提供基本公共服务的物质基础，因此，必须进行财政政策改革，调整不同主体功能区财政转移支付结构，加大限制、禁止开发区基本公共服务的财力支持，以提高其基本公共服务整体水平，缩小与其他主体功能区的差距。一是完善中央财政转移支付制度。由中央财政补充因生态环境保护而造成的地方政府财政收入减少部分，在政策上向限制开发区和禁止开发区倾斜，制定生态保护地区环境保护与治理的专项财政拨款、税收优惠和财政贴息等政策。二是构建横向财政转移支付制度。需要建立不同主体功能区地方政府间横向财政转移支付制度，实行下游地区对上游地区，生态受益的优化、重点开发区域政府直接向限制、禁止开发区域政府进行财政转移支付，从而尽快缩小不同主体功能区基本公共服务供给上的差距。
（三）建立生态税费征收制度
《全国主体功能区规划》强调研究开征适用于各类主体功能区的环境税。限制开发区重点生态功能区和禁止开发区提供了生态产品，优化、重点开发区是生态产品的受益区域。通过对生态环境产生不良影响的生产、经营及开发者征收一定税费，将其纳入国家预算，可以弥补生态补偿资金的不足，保证补偿资金有长期稳定的来源。生态税费征收标准主要由破坏生态环境的活动所导致生态环境价值损失来确定。据专家测算，如果在西部输出的每立方米天然气中增加3%的生态补偿费，每度电增加0.5分的生态补偿费，则每年可为西部地区筹措约13.5亿元的生态补偿资金。生态补偿资金可用于限制、禁止开发区的生态建设和脱贫等项目。
（四）完善转移资金监管制度
完善的监管制度对于保障转移支付资金规范运行、推进主体功能区尽快形成和基本公共服务均等化的实现同样具有不可忽视的作用。当前，我国完善财政转移支付监管制度，重点要做好以下三方面：一是完善监督制度。充分运用现代科学技术开发一套远程转移支付资金运行监控软件，以实现上级政府直至中央政府对转移支付资金使用的监督，防止出现违反转移资金使用规定等问题；二是建立信息公开制度。要求各级政府和相关部门通过报纸、电视、网络等方式及时公布转移支付资金的使用情况，将其完全置于社会监督之下，以促使转移支付资金用到实处、提高其利用效率。三是健全惩处制度。对于擅自挪用、截留或无正当理由不及时转移支付资金的，以及其他贪污腐败行为，应严肃处理相关责任部门和责任人，以杜绝类似问题的发生。切实做到专款专用，提高转移支付资金的使用效率。
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