2004年，南京市委市政府决定向南扩建鼓楼医院，并将其作为南京市发展社会公共事业的重点项目和民生工程，这是一座集门诊、急诊、住院病房和医技检查功能为一体、建筑面积22.4万平方米，充分体现“以人为本”理念，彰显文化、环保、生态、节能等元素的超大型智能化、现代化医疗综合大楼。工程于2007年7月全面动工，2009年7月4日大楼结构封顶，2012年12月15日正式投入使用，日门诊量可容纳1.5万人次，病床达到3000张，将大大改善老百姓的就医环境和诊疗条件。
近些年来，鼓楼医院在传承百年历史文化的同时，实施科学管理、打造医院文化品牌，建成了国内以实物为主的第一个医院历史纪念馆，该馆被定为“南京市爱国主义教育基地”、“南京市对外文化交流基地”。医|学教育网整理医院不断改革创新，组建了国内第一个医院集团，放大优质医疗资源，参与收购宿迁市人民医院。医院提出了建设国内最好的人文医院愿景，在医院内部形成良好的理解人、尊重人、满足人、发展人的人文环境，激发员工的人文道德关爱，以解除患者痛苦为最高服务宗旨。医院被中央文明委表彰为“全国创建文明行业工作先进集体”、江苏省、南京市“文明单位”；被国家卫生部授予“全国卫生系统先进单位”、“全国医院文化工作先进单位”、“全国2005-2007医院管理年活动先进单位”、“医院改革创新奖”等称号。
