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安徽中医药高等专科学校前身是始建于1960年的“芜湖市中医学校”；2001年，学校独立升格并于次年经教育部批准，在全国同类院校率先更名为“安徽中医药高等专科学校”。为整合卫生教育资源，壮大学校实力，2006年，市政府将芜湖市中医医院成建制划归学校作为直属附属医院；2012年，附属市牙病防治所成功创建附属口腔医院（芜湖市口腔医院）。经过50多年的建设与发展，学校已经成为具有鲜明中医药特色的地方性高等院校。2010年，学校在高职高专院校人才培养工作评估中获得“优秀”等次，成功创建了“安徽省示范性高等职业院校”。
