1974年，王建华教授调入广州中医药大学，不久之后，被任命为新组建的脾胃研究小组的负责人、脾胃研究室主任，1992年撤室成立脾胃研究所，王建华教授任脾胃研究所所长。
王建华教授长期从事中西医结合研究工作，在中西医结合脾胃学说研究和中药药理特别是复方药理研究领域，是国内外知名的专家，是我国脾胃学说研究的开创者之一，也是我国中药复方药理研究的主要开拓者和奠基者之一。他主讲过《脾胃学说研究》、《中西医结合研究的思路和方法学》等课程。主编了《药理学》（全国高等中医药院校教材，1989年），合作主编了《中药药理与临床研究进展》（系列丛书第二、三、四、五册）、《中医基础理论研究进展》、《消化道电活动及临床应用》、《中药方剂药理与临床研究进展》等书。培养了大批高级专门的人材，有的已经成为学科带头人，有力地推动了中西医结合事业的发展。王建华教授为《中药药理与临床》杂志和《中药新药与临床药理》杂志的创刊和发展做出了重要贡献，现为《中药新药与临床药理》杂志的副主编。
在中西医结合脾胃学说研究中，王建华教授创造性地提出了“负荷理论在虚证研究中的作用”，为中西医结合虚证研究指明了方向，为后来中西医结合研究的深入开展提供了有益的思路。在脾胃研究室成立初期，条件非常简陋，王建华教授为了打开脾胃研究的局面，带领其合作者深入工厂，进行脾胃病人的诊治。他们以慢性低热病证为脾虚研究的突破口，以负荷理论为指导进行研究工作。研究发现运用四君子汤加味对慢性低热病人有较好的疗效，其后立即着手实验工作，基础研究与临床研究相结合，取得了重大的突破。王建华教授提出了唾液淀粉酶活性在酸刺激前后的变化可能是反映脾虚证本质的有效指标之一，初步证实了四君子汤对家免离体肠管运动具有双向调整作用，这种作用与植物神经系统的功能状态有关，该研究成果于1976年上报国家卫生部，并在全国中西医结合会议上介绍，引起了与会者们的高度关注，随后，广东省卫生厅拔专款支持王建华教授所领导的研究。1980年，卫生部将脾胃学说研究列为部属重点科研项目，研究小组也正式升格为脾胃研究室，为后来进一步的脾胃学说研究打下了基础。
国家七五期间，王建华教授作为国家科委“七五”科技攻关项目“脾虚证候发生机理的研究”组组长，带领全国多家协作单位一同攻关，克服重重困难，较好地完成了攻关任务，把脾虚证的研究提高到一个新的水平，其研究范围涉及生理、生化、免疫、遗传、内分泌、神经、药理等多个领域。在脾虚证客观变化规律的探索中，王建华教授终于发现唾液淀粉酶活性比值属于脾虚证的客观量化指标，研究结果为多家研究单位所证实，在1986年举行的全国中医理论现代研究讨论会上，唾液淀粉酶活性比值与木糖排泄率被列入脾虚证诊断的参考指标，使中医证候诊断走向客观化研究跨上了一个新台阶，为我国的中西医结合工作的开展作出了贡献。在随后的证本质研究中，许多研究者都集中于发现一些微观定量的指标来说明证的本质，甚至还寄希望于发现一、二个金指标来说明证的本质，王建华教授发现，就证而言，试图以某一个金指标反映证的本质是不可能的，因为这是由证本身的特点所决定的，所以王建华教授及时提出了“多指标合参”的思路，这一思想为证本质的研究工作打开了新的局面，为证本质研究的深入开展作出贡献。
