《第三军医大学学报》是经中国人民解放军总政治部、国家科技部及国家新闻出版署批准，由第三军医大学主管、主办，国内外公开发行的综合性医药卫生类学术刊物。
《第三军医大学学报》创刊于1979年，现为半月刊。版本采用国际标准210mm×297mm开本，国内统一刊号：CN50-1126/R，国际标准刊号：ISSN1000-5404.国内邮发代号：78-91，国外代号：M6529.主要栏目设有：专家论坛、论著（军事医学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、检验医学、生物医学工程等）、技术方法、研究快报、短篇论著、经验交流、疑难病例、个案与短篇和学术之窗。现任主编为王正国院士。
《第三军医大学学报》创刊至今，坚持正确的办刊宗旨，以质量特色求生存，以社会效益求发展，在传播新理论、交流新经验、推广新技术、普及新知识等方面作出了积极贡献。近年来，刊文地区分布数已达到31个，涉及国内外机构159个，涵盖了生物医学的全部学科，各类基金资助项目论文占每期刊出论著的45%左右。医'学教育网l整理刊出的论文被引用率和学报的影响因子也逐年上升，据2014版《中国科技期刊引证报告》（核心版）数据显示，《第三军医大学学报》2014年度的影响因子为0.489，总被引频次为2813.综合评分在全国医科大学学报类54种期刊中列第3位。
创刊以来，经过不断努力，《第三军医大学学报》办刊质量不断提高，现已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、中国科学引文数据库（CSCD）（中国科学院文献情报中心）、中国学术期刊综合评价数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）（中国科学技术信息研究所）、中国核心期刊要目总览（第3版）（北京大学图书馆）等国内外检索系统收录，为中国科技论文统计源期刊和中国自然科学类核心期刊。
《第三军医大学学报》是中国被引频次最高的500种科技期刊之一。自1989年以来，《第三军医大学学报》先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊一、二等奖，2003年、2005年两度被评为“国家期刊奖百种重点科技期刊奖”（该奖项为中宣部、国家新闻出版总署和国家科技部共同评选的我国期刊界的最高奖项）。2007、2008、2009、2010、2011连续5年入选“百种中国杰出学术期刊”，2008、2011连续2届评为“中国精品科技期刊”，2008、2010、2012连续3届被教育部科学技术司“中国高校精品科技期刊”。
