“十一五”以来，学校共承担各级各类项目1000余项，其中承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级项目100余项，科研经费2亿余元；取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励30余项。现有4个省级科技创新团队，24个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。
学校与美国、澳大利亚等17个国家和地区的41个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访交流和学生互换学习。
建校以来，我校培养了近3万名高素质的中医药人才，遍布安徽省及国内外医药领域。2000年以来，学校相继与皖北中药材支柱产业区、皖南新安医学发源地、皖西大别山革命老区等市县人民政府签订了全面科技合作协议，与河南宛西、江苏康缘、华润三九等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等25个产学研合作基地，开展50多项技术服务。经过50多年的建设，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校，为地方经济社会发展做出了积极贡献。
面向“十二五”，学校将深入贯彻落实科学发展观，秉承“至精至诚、惟是惟新”的校训理念和“北华佗·南新安”的医学传统，进一步坚定中医信念，弘扬中医精神，继续走“质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校”之路，解放思想，抢抓机遇，深化改革，加快建设，为创建富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学努力奋斗。
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