北京妇产医院建于1959年，建院48周年，林巧稚任第一任名誉院长。1992年成为国际标准的爱婴医院，1994年被批准为首都医科大学附属北京妇产医院和妇产科学硕士学位授权点，2002年被评为北京市重点建设学科，同年东院区投入使用，建立了市级妇幼保健院，成为迄今为止全国大型妇幼保健院之一，2003年被批准为首都医科大学妇产科学博士学位授权点，2005年6月成立首都医科大学妇产科学系，系务办公室所在地。
首都医科大学附属北京妇产医院妇幼保健院是一所立足北京市面向全国的，以诊治妇产科疑难重症为重点，集医疗、教学、科研、预防保健为一体的三级甲等妇产科专科医院，全面监控、指导北京市十八个区县妇幼保健院。医院是世界卫生组织母婴和妇女保健研究和培训合作中心、拥有北京市产前诊断中心、北京远程胎儿监护中心、北京市优生遗传研究中心、北京市计划生育技术研究指导所。
目前东院开放床位405张(西院装修)，科室设置有围产医学科、普通妇科、生殖调节科、妇科肿瘤、妇科微创中心、生殖医学中心、乳腺外科、女性泌尿科及男科等临床科室，其中围产医学、生殖医学、妇科微创等学科为首都医学发展基金重点学科，与美国、法国等国家保持长期合作关系；生殖调节科与国家和市计生委保持密切行政和业务联系，承担了WHO新技术研究和推广项目、国家及北京市人口和计划生育委员会科研和培训任务。目前医院承担国家级科研项目2项、省、市、部委级项目9项、其他项目18项，科研经费近六百万元。相关科室如麻醉、超声与放射、病理、麻醉、检验及药剂等，设备齐全，有国内最先进的超声影像诊断仪、CT、内分泌检查仪及辅助生殖技术等，固定资产3.65亿元。
医院具有一批老中青结合技术力量雄厚的学术队伍，其中教授9名，副教授20名；主任医师42名，副主任医师69名，主治医师102名；博士研究生指导教师2名，硕士研究生指导教师24名；在读博士、硕士研究生共89名，已毕业博士、硕士研究生138名。
每年举办各类国际、国内学术交流会、师资培训班及国家级、市级继续教育项目，承担全国妇产科专业医师的进修和培训工作。
医院自1988年开展妇产科专业住院医师规范化培训，共培养妇产科住院医师182余名，已经取得培训合格证书者132名，其中第一阶段52名，第二阶段80名。现在基地培训的妇产科医师84名，包括基地培训住院医师17名，进入基地2004届住院医师取得合格证书8名。
