北京安贞医院自1988年开展住院医师规范化培训以来，一直严格按照卫生部、市卫生局有关文件要求专门成立教育处，专人负责培训住院医师，教育处制度完善、档案规范，注重培训质量。住院医师入科还需进行科室岗前培训：科室规章制度、法律法规知识、标准操作规程等。各培训基地在医院教育处的指导下，严格按照北京市卫生局住院医师培训细则规定，配备专职基地秘书，制定、实施住院医师培训计划，专人带教，要求培训人员参加科内各类专业讲座、查房和学术活动，严格执行出科（部门）考核制度。
具体培训流程分为两个阶段：
第一阶段规范化培训重点是医师“基础理论”、“基础知识”、“基础技能”的基本功训练，采用形式是在相关科室轮转，目的是使受训者在医疗实践中巩固其在校所学的基本知识并积累临床经验，通过临床工作中的管理病人和技能操作、查房、病历讨论和技能操作等，不断提高实际工作能力。
第二阶段培训要求医师按其所学专业进入专科训练，目的是在第一阶段训练的基础上，提高其所学专业的临床能力，通过该阶段的专科培训，受训人员应具备临床综合管理能力，必须能够带领实习医生和低年住院医师完成查房及会诊等工作。在此阶段受训者必须担任一定时间的总住院医师工作。
在完成规定培训工作的同时，医院还注重不断加强对青年医生和医学生医德教育，邀请中老年专家给住院医师及在校医学生做 “ 如何做一名合格的医生”、党委书记做“保持良好的医德医风”的专题报告，为他们发放《临床住院医师培训大纲》、《医学临床思维》、《医生成才之路》等医学教育书籍，医院住院医师在努力做好专业工作的同时，在抗击“非典”的过程中表现的非常勇敢和积极；并且积极参加北京市反恐怖演习救护，都出色的完成任务。此外医院还积极组织住院医师参加篮球队、足球队、羽毛球队的各项活动，参加医院的各种文艺演出，以及北京市卫生局举办的法律知识竞赛等，不断提升青年医师的综合素质。
截止到2006年12月北京安贞医院共有361 名完成第一阶段住院医师规范化培训，共有281名完成第二阶段住院医师规范化培训，目前我院共有 156名住院医师正在培训。
北京安贞医院共15个医疗科室获得专科医师培训基地资格，包括：
9个普通专科培训基地，具体有：
外科、麻醉科、神经内科、急诊科、全科、口腔科、影像科、
药剂科、病理科、
6个亚专科培训基地，具体有：
心内科、呼吸内科、心外科、普外科、胸外科、泌外科。
北京安贞医院目前实施8小时住院医师制，部分科室实施12小时住院医师制，培训补贴标准为1000元/人/月。
