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南通大学医学院是南通大学规模最大的二级学院，前身为南通医学院，渊源于1912年民族实业家、教育家张謇先生创立的南通医学专门学校，至今已有90多年的办学历史。2004年原南通医学院、南通工学院、南通师范学院组建南通大学，原南通医学院分设为南通大学基础医学院、临床医学院等院系，2006年9月，原南通大学基础医学院和临床医学院合并组建南通大学医学院。回顾近百年的办学历史，南通大学医学院续衍着悠久而厚重的文化底蕴，谱写着光辉而艳丽的育人篇章、秉承着“祈通中西，以宏慈善”的人文精神。
学院设有人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生理学教研室、病理学教研室等11个基础医学教研室，设有诊断学教研室、外科学总论教研室、内科学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室等20个临床医学教研室及医学信息学、医学人文学教研室，设有基础医学教学实验中心（人体解剖学实验室、机能学实验室、生命化学实验室、形态学实验室、药学实验室）及临床医学教学实验中心（诊断学实验室、外科学总论实验室、临床教学综合实验室、HIS模拟实验室），设有11个研究所和研究室（眼科研究所、骨科研究所、消化病研究所、肾脏病研究室、医学遗传与生殖研究室、皮肤性病学研究室、基础医学研究中心、神经生物学研究所、神经免疫学研究所、食品药品毒理药理研究室、免疫学研究室）。
学院现有江苏省高校国家重点学科培育点1个、省级重点学科3个、江苏省高校建设重点学科1个、省级“十大临床医学中心”1个、省级“135”医学重点学科3个、省级“135”医学重点建设学科2个、江苏省临床医学重点专科9个、江苏省优秀学科梯队2个、江苏省优秀科技创新团队1个。有1个联合培养博士点、2个一级学科硕士学位授权点、27个二级学科硕士学位授权点。
近年来，我院承担市级以上科研课题300项，其中承担国家级科研项目16项（国家自然科学基金课题12项、国家级项目子课题4项），部省级科研项目122项，市级课题162项；获市级以上科研成果奖206项，其中，国家科技进步三等奖1项，省科技进步奖8项，省级科研成果奖57项，市科技进步奖140项。学院以第一作者单位发表SCI论文73篇。学院协办《中华医学教育杂志》，是《中国高等医学教育》的会员单位。
改革开放以来，学院开展了广泛的对外交流与合作。学院已与美国、日本、德国、澳大利亚、印度、巴基斯坦等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，聘请了一批知名专家、学者担任学院名誉教授、客座教授。
