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“中山医学院”最早得名于1957年，其源头可以追溯到1866年成立的中国最早西医学校——博济医学堂。中山医学院的发展大致可以分为三个阶段。
第一阶段：从1866年创立博济医学堂到解放初期院校调整之前（1866～1953）
1866年，美国传教士、外交家伯驾在广州设立博济医学堂，孙中山先生曾在此学医和从事革命活动。后来，博济医学堂并入岭南大学，成立岭南大学医学院。随后又吸纳了私立夏葛医学院。随后私立夏葛医学院又并入岭南大学医学院。
中山医学院的另一个重要的源头是1909年成立的广东公医学堂。广东公医学堂后来发展成广东公医医科大学，又并入国立广东大学，随大学更名，成为中山大学医学院。
第二阶段：从解放初期院校调整到2001年两校合并之前（1953～2001）
1953年解放初，全国院校调整，岭南大学医学院和中山大学医学院合并成立华南医学院，随后广东光华医学院也并入华南医学院。此后，华南医学院相继改名为广州医学院、中山医学院、中山医科大学，并成立中山医科大学基础医学院。这个阶段，在著名的医学教育家柯麟的带领下，中山医学院建立了完善的现代医学教育体系，拥有一批在国内外医学界有较大影响力的大师和名家，教学、科研和医疗取得了较大的发展，成为中南地区最高医学学府和卫生部属的六所全国重点医学院校之一。
在1960年代，中山医学院拥有梁伯强、谢志光、陈心陶、陈耀真、秦光煜、林树模、周寿恺、钟世藩八位国家一级教授，被人称为“八大金刚”，而当时全国才有33位一级教授，可见当年中山医学院的地位。现在北校区医学图书馆二楼陈列着八位一级教授和柯麟院长的油画像。
陈心陶教授在防治血吸虫病方面做出了突出成就，两次受到毛泽东主席的接见。
第三阶段：2001年两校合并至今（2001～现在）
随着全国高等医学教育管理体制改革，恢复了综合性大学办医学教育。2001年10月，原中山大学和中山医科大学合并为新中山大学，并成立了中山大学中山医学院，我院进入一个崭新的发展阶段。
中山医学院在学科建设、科学研究、人才培养、实验室规模、实验仪器设备等方面均处于国内同类学院前列，已成为一个学科门类齐全、基础条件优越、教学科研力量雄厚，在国内外有一定影响的基础医学教学、科研和技术开发基地。
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