校本部设有临床医学（五年制、七年制）、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向）、英语（医学方向）14个本科专业。其中，七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。
学校生理学为国家重点学科，有4个省重点学科、5个省重点建设学科、2个省重点扶持学科、2个国家级特色专业建设点、1个山西省特色专业、7个省级品牌专业；细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，有2个省重点实验室、2个省级研究中心、4个省级示范实验室。学校是全国首批硕士学位、学士学位授权单位，山西省首批博士学位授权单位，全国临床医学专业硕士学位、公共卫生专业硕士学位试点单位。现有2个博士后科研流动站，7个二级学科具有博士学位授予权，5个一级学科、53个二级学科具有硕士学位授予权。
学校在“十五”期间，共承担省部级及以上科研项目746项，总经费4993.36万元。其中，国家自然科学基金项目19项，获资助经费326万元；发表科研论文6057篇，其中《Nature》杂志发表1篇，国家级期刊3032篇，被SCI、ISTP收录228篇；出版教材及专著675部；获各种科技奖励249项，其中省科技进步奖146项（一等奖13项）、省高校科技进步奖39项（一等奖18项）。学校主办有《山西医科大学学报》、《中西医结合心脑血管病》、《护理研究》、《实用急救医学》等多种学术刊物。
附属第一医院、第二医院是山西省规模最大的综合性三级甲等医院，全国百姓放心医院，共开放床位2556张。附属第三医院是二级甲等医院，全国百姓放心示范医院，开放床位200张，开设有神经内科、甲状腺、精神卫生、肝胆外科、肿瘤等特色学科。附属口腔医院是省内唯一一所三级乙等口腔专科医院，开放床位20张、牙科综合治疗台64台。
学校与美国、日本、德国、意大利、澳大利亚、香港、台湾等国家和地区多所院校建立了教育、科技、医疗合作关系。
经过九十年的薪火相传，经过几代人的艰辛拼搏，山西医科大学取得了辉煌的成就。在未来的征程中，学校将继承优良办学传统，加快发展步伐，为把学校建设成多学科、有特色、高水平，位居国内同类院校前列的教学研究型医科大学而努力。
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