学校有附属医院（含临床医学院）11所，其中10所综合性附属医院（含临床医学院） 均为三级甲等医院，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属厦门第一医院附属漳州市医院、附属泉州第一医院、附属三明第一医院和附属龙岩市第一医院；附属口腔医院1 所。此外，有临床教学医院28所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
目前，学校现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，科研机构65个，省重点学科13个，学校重点学科6个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25600平方米，图书、资料164万册，是福建省医学图书中心馆。
“十一五”期间，我校将以党的十七大精神为指导，推进学校新一轮发展，成为办学规模适度，学科结构合理，办学层次较高，整体实力较强；以普通本科教育为主，加快发展研究生教育和长学制医学教育；以医学为主，理学、管理学、法学等多学科协调发展的教学研究型省属重点医科大学，努力建设为海峡西岸经济区建设服务的创新药物研究开发平台、基础医学研究创新平台、临床医学诊疗创新平台、公共卫生服务创新平台、医学实验动物服务平台和医学创新人才培养平台等六大平台，成为海峡西岸高级医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校的先进行列。
