学校现有直属附属医院1所，非直属附属医院4所，编制床位2104张；教学医院5所；实习和见习基地57所。直属附属医院开放床位1900张，是集医疗、教学、科研和自治区领导干部保健基地等多种职能的一所综合性三级甲等医院，年门诊60万余人次、收治3.9万余人、完成手术1.6万余例，业务水平较高，对内蒙、甘肃、陕西等毗邻地区具有强大的辐射影响力。1995年医院跻身全国500家大型医院之列。
学校十分重视校际交流与协作，先后与日本岛根大学、山形大学、富山医科大学，澳大利亚国立大学、堪培拉大学，美国中华医学基金会、达库他州圣福德医学院，加拿大阿尔伯塔卫生部，意大利费拉拉大学以及国内的上海交大医学院、首都医科大学、山东大学等数十个院校和科研机构建立了友好合作关系，开展广泛的人才培养与科研合作。
经过近半个世纪的发展，学校在学科专业建设、基础设施、师资力量、教学和科研水平等方面均有了很大的进步和发展。2006年教育部本科教学工作水平评估后，专家组认为：“学校实现了质的飞跃，取得了巨大的突破，发生了天翻地覆的变化。学校已成为了一所规模、结构、质量、效益协调发展，在全国同类院校中有一定影响力和知名度的高等医学院校。”
