“十五”以来，学校分别获得教育部七年制高等医学教育教学评估、国家自然科学基金委理科基础科学研究和教学人才培养基地评估、教育部本科教学工作水平评估等优秀成绩，学校作为国内首家医学院校参加了全球医学教育认证试点性评估，36项办学指标全部达到世界医学教育联合会（WFME）医学教育全球标准的基本要求，其中25项指标达到高质量标准要求，人才培养质量得到了国外专家肯定。
“十五”以来，获国家教学成果一等奖1项、二等奖7项，获省教学成果一等奖17项、二等奖43项；获国家精品课程10门、省级精品课程16门，获国家优秀教学团队2个、省优秀教学团队6个、省研究生导师优秀团队3个，获国家特色专业5个、省级特色专业6个，获国家实验教学示范中心3个，获得国家优秀博士论文1篇。
微小核苷酸（miRNA）功能学研究，microRNA转基因动物模型建立研究，抗心律失常药物作用最佳靶点的研究，中国人类基因组计划研究，精准肝脏外科技术研究，同种异体劈裂脾移植研究，As2O3治疗M3型白血病和治疗实体瘤的研究，大骨节病病因学研究，心脏移植，双手移植，单前臂移植和大肠癌综合治疗等在国内外具有较大的影响。
获国家自然科学二等奖、国家科学技术进步二等奖、中华医学科技奖、中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部“高等学校骨干教师资助计划”奖、吴阶平医学研究奖、何梁何利科技进步奖、保罗——杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120余人次。
“十五”以来，获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖3项，部省级科研成果奖281项，主持国家“973”项目、“863”项目、国家“十一五”科技支撑计划、国家杰出青年基金项目、国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目400项。学校专家、学者在国际、国家级学术团体中兼任主任委员、副主任委员、副理事长、常务理事、常务委员的专家达132个职位，其中有65人在多个国际、国家级学术团体中兼任副主任委员、副理事长以上职务。担任国际、国家级杂志编委以上职务的专家226人，其中担任总编 3人、副主编 15人、常务编委16人。
主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、澳大利亚、俄罗斯等15个国家的40余所院校和研究机构建立了友好合作关系。
五所临床医学院（附属医院）中三所为全国“百佳医院”。目前实际平均开放床位10036张，年门诊量483.2万人次，年出院总人数34万人次，门诊收治与临床确诊符合率达99.53%.另有五所非直接隶属的临床医学院，有编制床位4396余张。
