学校科研项目的数量、水平、经费逐年增长。2003-2007年获国家自然科学基金44项，国家社会科学基金1项，美国国立卫生研究院NIH基金1项，国家攻关及863子课题8项，省部级基金210项。近5年年均科研经费3437.4万元，143项科研成果获得省部级奖励。在公开刊物上发表学术研究论文7812篇，SCI、EI、ISTP、SSCI收录论文228篇，出版教材、专著350余部。2008年获国家自然基金17项，科技部软科学项目1项，省级项目127项，SCI、SSCI收录论文86篇。学校主办的《昆明医学院学报》为中国科技核心期刊。
学校积极开展国际合作交流，已同法国、美国、瑞典、澳大利亚、德国、日本、泰国、越南等40多个国家的高校、科研院所、医疗机构建立了交流合作关系。近3年，共招收和培养了23个国家的260名不同层次的留学生，取得了良好的办学效益和国际声誉。学校是世界讲法语国家大学联盟会（AUF）中国唯一单位，是世界卫生组织（WHO）支持东南亚多个国家开展生殖健康国家战略规划国际专家组中唯一的中国代表；是“联合国教科文组织大学网络机构”唯一的中国成员单位和“联合国教科文组织生命科学伦理学会中国委员会”机构所在地，是“湄公河次区域国际牙科协作组织”（IDCMR）唯一的中方成员。
学校十分重视党建、思想政治工作和精神文明建设，进入新世纪以来，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，结合学校实际以改革创新精神加强党的建设和思想政治工作，通过狠抓领导班子思想政治建设、深入开展“三讲”教育、保持共产党员先进性教育、“解放思想”大讨论等活动，党的思想、组织、作风、制度、反腐倡廉建设和思想政治工作全面加强，为学校的改革发展稳定提供了坚强保证。近年来，学校及附属医院先后获得“云南省党建思想政治工作先进高校”、“云南省学习邓小平理论先进单位”、“云南省内部管理体制改革先进高校”、“云南省省级文明学校”、“云南省民族团结进步模范集体”、“云南省抗震救灾先进集体”、“昆明市首批花园式单位”、“昆明市文明单位”等荣誉称号。
学校正遵循“崇德、精业、团结、奉献”的八字校训，为把我校建设成为西部地区省属高水平院校和在东南亚有较大影响的高水平教学研究型医科大学而努力。
