科技创新。学校积极推进科研管理体制改革和机制创新，加强重大、重点项目的研究和联合攻关，着力活跃学术氛围，促进了科研规模、水平、效益的持续发展。近三年，学校共承担各类纵向科研课题653项，经费2.1亿多元。其中，承担国家自然科学基金面上项目270项，重点、重大项目6项。共获军队级（含省部级）以上科技成果奖共196项。其中国家最高科学技术奖1项，国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖2项，上海市自然科学一等奖1项，上海市科技进步一等奖6项，军队医疗成果奖一等奖5项，中华医学科技一等奖1项，上海市医学科技一等奖4项，军队科技进步二、三等奖36项，军队医疗成果二、三等奖70项。
医院建设。学校附属长海、长征和东方肝胆外科医院以“救死扶伤，服务军民”为宗旨，坚持科技兴院、质量建院、从严治院、勤俭办院，医院整体建设水平在军内外领先，目前，共展开床位3500余张，年收治病人6万多人次，年门急诊量达200多万人次。在医疗特色上，肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统特色更加鲜明，并在肝脏、肾脏等器官移植术，前列腺疾病微创治疗术，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病诊治技术等方面形成新的特色。目前，三所附属医院共有10个全军医学研究所，10个全军医学专科（专病）中心，3个国家中医药管理局重点专科（专病）中心，4个上海市临床医学中心。三所医院均为三级甲等医院，长海医院荣获“全国百佳医院”称号，长征医院在全军开展的优质服务竞赛中连续三届荣获“白求恩杯”，东方肝胆外科医院已发展成为国家军队知名的专科医院。
