学校具有较强的学术发展与科研实力，在校本部和附属医院拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室；建有高水平的国家级或市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、卫生部全科医学培训中心、北京市新医药技术转移中心、首都卫生管理与政策研究基地、临床医学研究所、基础医学研究所、神经科学研究所、眼科研究所、老年病医疗研究中心、泌尿外科研究所、心肺血管医疗研究中心、心血管病学系、疼痛医学研究所、卫生毒理检测中心、生物工程技术研究中心、中医肝病临床研究中心、生殖医学研究所和心血管疾病临床试验及社区干预中心等。近5年来，学校承担了国家“973”、“863”、国家自然科学基金、北京市自然基金、市科委、北京市教委科研项目等 639项，其中国家级科研项目195项，省部级科研项目444项，共获科研经费23093.43万元；获得国家级及市级科学技术进步奖、中华医学科技奖121项；获得批准授权专利13项。神经生物学、细胞生物学、基础免疫学、医学图像处理、生物信息检测与处理、神经内科、神经外科、心脏内外科、肾移植、呼吸内科、消化内科、口腔颌面外科、眼科、耳鼻咽喉科、小儿血液病等领域在国内外享有较高的声誉。
学校有良好的教学科研辅助设施，其中有图书馆、信息与通讯中心、现代教育技术中心、实验动物科学部、医学实验与测试中心、学报编辑部（期刊社）、医学教育研究所等。
学校十分重视对外交流与合作，先后与世界20多个国家和地区签定了友好交流合作协议，其中有美国德州大学休斯顿医学院、纽约州立大学布法罗医学院、哥伦比亚大学医学中心、日本川崎医科大学、瑞典斯德哥尔摩大学、荷兰阿姆斯特丹与自由大学、香港中文大学医学院、日本滋庆教育集团所属大阪三校（高技术专门学校）等。近十年中，先后接待美国、加拿大、英国、澳大利亚、法国、瑞典、日本、荷兰、意大利、德国、丹麦及台湾、香港和澳门等50多个国家和地区的专家学者8000余人次来校进行学术交流和参观访问。同时，学校积极选送教师、科研人员和管理干部出国进修，参加学术会议和考察访问。
全体首医人求真务实、齐心协力、自主创新、和谐发展，正在努力将首都医科大学建设成为立足首都、面向全国、走向世界，国内一流、国际知名的医科大学。
