为提高临床科研力量，中心实验室现已建设成为医院的科研平台，目前是华南地区医院仅有的能进行常规病毒分离的实验室，是世界卫生组织指定的流感监测中心之一，我院2005年被评为全国流感监测先进单位。2003年7月临床基因扩增实验室（PCR实验室）通过了国家卫生部临床检验中心的技术验收，根据实际需要建立了一系列的基因快速诊断技术项目。
通过广纳各地之长，我院整体专业技术和管理水平都有了显著的提高。医院一大批优秀专家特别是大批中青年专家曾出国进修、留学以及经国内高水平的医疗机构培训。医院与国内外多家儿童医院结为姐妹医院或友好医院，经常邀请国内外专家来我院作短期工作或学术交流、讲学、手术示范和疑难病例讨论，仅2005年我院就接待了外宾36人次。
我院多年来通过开展“以病人为中心”系列主题活动，树立了良好的医院形象。医院获广州市1997-1999年度最佳服务单位、2001年度全省卫生系统行业作风先进集体、广州市卫生局系统行风建设标兵单位、2003年广东省优秀基层党组织、广东省、广州市“抗击非典模范单位”等荣誉。
广州市妇女儿童医疗中心是由原广州市儿童医院、原广州市妇幼保健院（广州市妇婴医院）整合而成的集医疗、保健、预防、教学、科研于一体的副局级事业单位，加挂广州市儿童医院、广州市妇幼保健院和广州市妇婴医院牌子，隶属广州市卫生局管理。中心内设中心办公室等9个职能部门、内科部等9个业务部门和2个院区管理办公室。中心设置床位1357张，编制人数2533人。
2007年6月，中心领导班子正式成立，刘忠奇同志任中心党委书记，夏慧敏同志任中心主任，麦卫阳同志任中心党委副书记，冯琼、王洪涛、龚四堂、廖灿等四位同志任中心副主任。中心领导班子的确定，标志着广州市妇女儿童医疗中心的整合工作的开始。目前，中心除继续保持原广州市儿童医院、广州市妇幼保健院提供的各项服务外，还正在美丽的珠江新城建设一个崭新的院区，该院区占地2.4万平方米，将建成使用面积为8.6万平方米的医院建筑群，总建设投资达5.5亿元。
为适应广大妇女儿童的医疗保健需求，中心正对三个院区的功能布局和学科布局进行整合，发展复合型优势学科，加强人才队伍建设，合理配置先进设备，改善服务之软硬条件，营造良好的医院文化氛围。
中心将坚持以人为本、科学发展为第一要务，以“立足广州、面向华南、全国一流”为目标，竭诚为广大妇女儿童提供安全、高效、优质、温馨的医疗保健服务。
