沈阳药科大学制药工程学院是沈阳药科大学办学历史最长的院（系）之一。其前身为东北药学院制药系，经东北行政委员会批准，于1949年正式成立。
制药工程学院现设有药物化学和制药工程与环境科学两个系，下设五个专业教研室、两个实验教学中心。拥有药学博士后流动站和药物化学、制药工程两个二级学科博士学位授权点，药物化学学科为辽宁省重点学科；设有化学和化学工程与技术两个一级硕士学位授权点。招收药物化学、制药工程专业博士研究生；招收药物化学、制药工程、生物化工、医学|教育网搜集整理应用化学、化学工艺、化学工程、环境化工、无机化学、有机化学、高分子化学与物理等10个专业的学术型硕士研究生以及药物化学、制药工程方向药学专业学位硕士研究生。招收制药工程、环境科学、应用化学、药物化学4个专业本科生，制药工程专业被教育部评为国家特色专业，应用化学专业为省级特色专业。
