急诊科是全国中医急诊临床基地建设单位。急诊科设有抢救室、急诊重症监护室（EICU）、急诊病房等，设有心、脑血管绿色通道。目前，正在筹建导管室。
风湿病科国家中医药管理局重点专科。风湿病科采用综合疗法，辨证使用中药汤剂、离子导入、熏蒸、泡洗等疗法，治疗类风湿关节炎、强直性脊柱炎、成人斯蒂尔病。
重症医学科是国家中医药管理局十二五重点专科培育项目。科室配备动态空气消毒系统。对各种昏迷、休克、呼吸衰竭、脓毒症、ARDS、MODS、围手术期支持等急、危重症有丰富的中、西医救治经验。
肿瘤科是国家中医药管理局重点专科。以骨转移瘤、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、妇科肿瘤等为优势病种。针对优势病种该科形成了一整套中医特色综合疗法，如骨转移瘤，在“平衡阻断”疗法指导下，以益肾骨康汤口服，骨痛贴和骨康膏外治，能有效提高生活质量、延长生存期。运用中药穴位注射疗法和耳穴埋豆法，有效改善患者恶心、呕吐等症状。
呼吸科是国家中医药管理局重点专科。以COPD、肺炎、支气管哮喘为临床研究重点及特色优势病种。经过长期的临床医疗实践积累，确立了“益气化痰平喘法”为COPD稳定期治疗的方案，多项研究证实：这一疗法可有效的减少COPD急性加重次数，延缓肺功能的下降，阻止病情进展，改善生活质量。该以“疏风宣肺止咳”法治疗感冒后咳嗽并开展戒烟门诊、冬病夏治。
药剂科是首批国家中医药管理局临床药学重点专科、北京市首批示范中药房、北京市药物警戒站单位。针灸科是全国针灸医疗中心北京分中心，院级重点专科。
针灸科在脑血管病、痛证、脾胃病的治疗方面形成完整的治疗体系。该科首创的“颅底七穴”法对于帕金森病、特发性震颤及自主神经功能紊乱相关的多种病症具有较好治疗作用；该科总结的改良“合刺”针法对于癫痫疗效显著。
妇科是院级重点专科。采用一方三法即同一方药，分别予口服、灌肠、中药离子导入治疗慢性盆腔炎，疗效满意。施行各种妇科手术如附件切除术、子宫切除术。妇科腔镜微创手术为优势项目。
心血管内科是院级重点专科。运用中医药治疗心血管疾病重在整体调节，具有多靶点、多途径、多层次整合作用。该科自拟中药“心竭宁方”治疗慢性心力衰竭可明显改善临床症状，提高运动耐力，有效缩短病程，显著提高心衰患者的生活质量；“増率复脉汤”治疗缓慢性心律失常可有效提高心率，部分患者可避免或推迟安装起搏器，采用中西医结合治疗高血压使血压得到很好的控制。
手术麻醉科拥有现代化层流手术间和先进的麻醉机、BIS监护仪、各类微创手术配套腔镜设备、低温等离子射频等一流的手术设施。
