南京市第二医院于1996年6月由原南京市钟阜医院与南京市传染病医院合并组成。现为江苏省唯一的三级传染病医院，同时是东南大学医学院附属医院，南京大学医学院 、南京医科大学教学医院，江苏大学医学院检验系教学基地，徐州医学院硕士生培养点。医院分设钟阜部（院机关所在地）和紫竹林部。占地共8万平方米，建筑面积5万多平方米，院内树木葱茏，百花争艳，环境优美，是一座典型的花园式医院。
医院现有职工746人，卫技人员占75%，中级人员179人，高级专家兼职教授共63人。核定600张床位，分设16个病区。其中钟阜部10个病区380张床位，主要收治各种法定传染病和感染性疾病。设立肝病内科、外科、妇产科、儿科、传染杂病科、中西结合科、麻醉科等临床科室。医'学教育网|整理门诊部设有相应的专科及专家特色门诊。紫竹林部设6个病区220张床位，主要收治肿瘤内科、外科、老年病科以及社会区服务部。其门诊部除设有相应的专科外，还设有动、宠物咬伤防疫门诊，性病门诊等。（现阶段还保留传染病应急门诊）
医院拥有多种先进的医疗设备，主要有CX—5大型全自动生化分析仪、特定蛋白分析仪、血气分析仪、奥林巴斯胃镜、西门子全身CT、带电视系统的德国产800 mAX光机、美国产惠普彩超、钴60治疗机、X线模拟定位仪、腔内后装治疗机、美国雅培肝炎诊断试剂及与此配套的自动化酶标仪等，可对各种疾病进行准确的检测和诊断。
医院十分重视医德医风建设，多次荣获：全国卫生系统先进集体、江苏省文明单位、南京市文明单位、省行风先进单位。且连续夺得市十届白求恩杯竞赛综合大奖第一名。
