南京市传染病医院南京市第二医院由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院于1996年合并组建，1997年通过省卫生厅评审，成为江苏省唯一的三级传染病医院。现为东南大学医学院附属医院，南京大学医学院、南京医科大学教学医院，镇江医学院检验系教学基地，徐州医学院和苏州医学院硕士生培养点。医院分设钟阜部（院机关所在地）和紫竹林部，占地近8万平方米，建筑面积近6万平方米。院内树木葱茏，百花争艳，环境优美，是一座典型的花园式医院。
南京市传染病医院现有职工729人，卫技人员占75％，高级专家兼职教授66人，其中省定333工程人才3人，省、市科委跨世纪人才7人，临床研究生13人。编制床位600张，分设16个病区。其中钟阜部10个病区380张床位，主要收治各种法定传染病。医'学教育网|整理设有肝内科、外科、妇产科、儿科、传染杂病科、中西医结合科、麻醉科等临床科室。门诊部设有相应的专科及专家特色门诊。为适用疾病谱变化以及社会需求，充分利用卫生资源，医院在紫竹林部增设南京市肿瘤医院与南京市老年病医院，编制床位220张，分设6个病区，主要收治肿瘤病及老年病。设有肿瘤内科、外科、老年病科以及社区服务部。其门诊部除设有相应的专科外，还设有动、宠物咬伤疫门诊，性病门诊等。
南京市传染病医院现有固定资产4800万元， 南京市传染病医院承担了南京地区及周边省、市传染病诊治任务，医院以医疗服务为重点，狠抓医疗质量，为病人提供高水平专科医疗服务。近年来，在病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、乙脑、流脑等传染病的诊治，以及狂犬病的免疫预防方面进行了系列研究和临床实践，临床治愈率均有较大提高，同时医院加强重点科室------肝病内科、肝炎产科、传染病科和检验科的建设，积极发挥重点科室在医、教、研等方面的积极作用。
南京市传染病医院坚持科教兴院，拥有一批省内外有影响的传染病诊治专家，其中多人担任全国、省、市传染病学术团体负责人。努力开展临床应用性研究和科技开发，与国内外医学院校建立广泛的科研合作关系，先后与美国布朗大学、日本名古屋市立大学医学院进行科研合作。近三年以表省级以上论文342篇，近五年获科研成果奖23项，其中省部级10项，市厅级13项。
