南京中医药学会坐落在南京风景秀丽的秦淮河畔，有着悠久的历史。在清代嘉庆年间医学教育网|搜集整理，南京就有“药王会”之设，并集资建立“痘神”专祠（又名长生祠）以为会址。1912年3月14日，在夫子庙长生祠，正式成立了南京中医学会，当时即有200余人登记入会，他们各自有着诊所、药铺，其中一些更是蜚声一方的名人，其中不乏被世人称之为“三卿一石”的京城四大名医朱子卿、武俊卿、随仲卿和王小石。选举出隋仲卿为会长、王小石为副会长。1928年10月7日改组为“南京市中医公会”，并召开全体会员大会，通过了学会简章，并推荐徐近仁、杨伯雅、隋翰英为常务委员。1929年，时任国民政府卫生部长的余云岫抛出“废止旧医”案，该方案激起全国中医药界的强烈反应，并直接催生了全国中医药联合会的成立，公推随翰英为联合会副会长。由南京医药名家随翰英、张简斋、杨伯雅、叶橘泉等人带领中医药界200多人，会同各地代表游行抗议，迫使当局撤销提案和解除歧视性法规。抗日战争时期，1938年，南京中医师公会第一届委员会理事长为徐又椿，秘书长为王问儒，1942年第二届理事长为汪绍笙，秘书长为王问儒。抗日战争胜利后，1946年，在大油坊巷39号，南京中医界名流周柳亭等11人依照民国政府非常时期人民团体组织法及医师法规定联合发起组织成立了“南京市中医师公会”，并通过了公会章程，张简斋被选为理事长，周柳亭、郭受天、王翰臣、井振亚为常务理事。当时有会员113人。织法及医师法规定联合发起组织成立了“南京市中医师公会”，并通过了公会章程，张简斋被选为理事长，周柳亭、郭受天、王翰臣、井振亚为常务理事。当时有会员113人。
