脑外科：脑外科是一个年轻、充满活力的科室，起步比较晚，但起点比较高，成立于2001年。在学科带头人高觉民主任的带领下，系统开展神经外科临床，科研和教学工作，填补了三级甲等综合性中医院专科建设的空白。科室综合实力不断壮大，在中医系统建立了中西医结合神经外科这一新的学科，中西并重，使得科室在神经外科领域中对常见病多发病的诊断、治疗、科研、教学等方面均有一定建树，是江苏省中西结合神经外科方面的领头羊。
血管外科：江苏省中医院血管外科的前身脉管病组创立于1956年。现病房核定床位24张，有医师8人，其中高级职称4人，博士1人，既有中医的高级专家，又有西医方面的人才。经过几代人的努力，紧跟现代医学发展的步伐，积极发展血管疾病的手术治疗、腔内治疗、自体骨髓干细胞移植治疗等，并进行基因治疗的研究。同时继承发展中医药在血管疾病治疗中的作用，发明了脉络宁针、通塞脉片等治疗血管病的良药。临床中将中西医治疗结合起来，外科手术结合中药口服外用在血管外科疾病治疗中取得了较单纯手术治疗更好的疗效。中药煎剂口服结合中药创面外敷在下肢溃疡的治疗中有显著的疗效。
肾外科：江苏省中医院肾外科创建于1985年，是医院较早成立的临床特色诊疗专科之一，进入20世纪90年代，随着医院规模的不断扩大和泌尿外科诊疗技术的飞速发展，江苏省中医院泌尿外科有了长足的进步。科室始终以中西医结合方法治疗泌尿系疾病为特色，注重中西医并举，在挖掘和发扬传统中医药的基础上，不断引进现代最新泌尿外科诊疗设备和高级医疗人才，现已发展成为拥有标准化病床39张，日门诊量100余人，年各类手术量1000余例，技术力量较为雄厚的临床特色专科，为江苏省中医院临床重点发展科室。
心胸外科：江苏省中医院心胸外科是省内拥有一流的医疗技术、最先进医疗装备的现代化科室。人才结构合理，是一支年轻的、极富有生命力的、拥有省内一流的医疗、科研、教学团队。
儿科：江苏省中医院儿科是全国中医儿科界唯一的国家中医药管理局重点学科、江苏省卫生厅“135”工程重点学科建设单位、中医儿科界唯一的二级学科博士点、中华中医药学会儿科分会的会长单位。
肛肠科：江苏省中医院肛肠科创建于1955年。有纤维肠镜、多功能肛肠测压仪、肛肠微波治疗仪等多种专科器械。是专科设备齐全，技术水平先进的中医特色专科。
针灸康复科：江苏省中医院针灸科创建于1954年，在著名针灸家承淡安、邱茂良教授的带领下，在临床医疗、科学研究、教材建设、师资培养、文献整理、外事教学等方面取得了较好的成绩，在全国处于领先地位。在学科带头人博士生导师吴旭教授的领导下医学|教育网整理，人材梯队已经形成，拥有一批全国乃至世界著名的老专家。现全科设门诊、病区、专病研究室。
